基于公共数据库分析自噬相关基因在肺腺癌患者中的预后意义
肺癌,1资料与方法,2结果,3讨论
李 敖,王玉然,王文浩(潍坊医学院附属医院肿瘤科1,放疗科2,山东 潍坊 261041)
截至2020 年,肺癌发病率位居第2 位,死亡率高居首位[1,2]。肺腺癌是肺癌常见的组织学亚型之一。肺癌发病机制、进展及耐药的分子机制是肺癌精确治疗的研究热点,也是药物治疗的关键。可靠的生物标志物对于肺癌的准确诊断和治疗至关重要。研究发现[3],自噬在非小细胞肺癌的发展、治疗和耐药中起重要作用。自噬是发生在特定生物过程中,由多种信号通路调控的一种细胞程序性死亡方式[4],其可参与肿瘤生长调控[5,6]。在肺癌细胞学实验中,表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂可以激活自噬。本研究利用生物信息学方法对肺腺癌中自噬相关基因(autophagy-related genes,ATGs)的差异表达进行分析,根据Cox 分析建立ATGs 的预后模型,以期为ATGs 在肺腺癌患者预后评估和靶向治疗中的应用提供新的研究方向,现报道如下。
1 资料与方法
1.1 数据来源 肺腺癌基因表达数据及相关临床基础数据来源于TCGA 数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)。从TCGA 数据库获取54 例正常组织和497 例肿瘤组织的RNA 测序数据,并获取相应的临床数据。利用R 软件对样本中的差异表达基因进行Wilcox 检验。从人类自噬数据库HADb(http://www.autophagy.lu/)中共检索到232 个ATGs。为了筛选差异表达的ATGs,阈值设定为logFC>1.0,FDR<0.05。
1.2 GO 和KEGG 对差异表达ATGs 富集分析 使用R 软件进行GO 富集分析和KEGG 富集分析,其中GO 富集分析包括生物过程(biological process,BP)、细胞成分(cell components ......
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