尼古丁影响糖尿病心肌病进展的机制研究
靶点,调控,1资料与方法,2结果,3讨论
赵 静,郭 蕊,孟芝君,刘彩红,谢耀丽,刘 晶,曹济民,王亚静(1.山西医科大学基础医学院,山西 太原 030001;2.山西医科大学附属人民医院/山西省人民医院检验科,山西 太原 030001;3.山西医科大学第二医院内分泌科,山西 太原 030001)
糖尿病心肌病(diabetic cardiomyopathy,DCM)是糖尿病患者的主要并发症之一,是由糖代谢紊乱引起以心脏结构和功能障碍为主要病理改变的一种特异性心肌病变[1],早期表现为左心室僵硬,舒张功能和顺应性降低。随着时间延长及病变加重,患者逐渐出现心脏收缩功能受损,及其引起的呼吸困难等症状,最终发展为充血性心力衰竭。糖尿病患者数量的逐年增加导致DCM 的发病率和病死率持续攀升[2]。但是,目前DCM 诱发心脏重构和功能障碍的机制尚不清楚。吸烟是心血管疾病和2 型糖尿病的独立危险因素[3]。有研究指出[4],吸烟者糖尿病患病风险增加26%。尼古丁是香烟烟雾的主要活性化合物之一[5]。长期暴露于高水平尼古丁是诱发和促发包括心肌病和周围血管疾病在内的心血管疾病的致病因素[6]。目前尼古丁促进DCM 的机制还有待明确。本研究通过3 大数据库(GEO 数据库、Drug bank 数据库、STRING 数据库)和WGCNA 分析对DCM 和尼古丁的相关基因进行筛选,旨在运用生物信息学技术分析探讨尼古丁对DCM 的影响及其作用机制,为吸烟人群中DCM 患者的治疗提供新的思路。
1 资料与方法
1.1 资料来源 从GEO 公共数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载GSE4745 的Series Matrix File数据文件,注释平台为GPL85,共24 组转录组数据,正常组12 例,疾病组12 例;下载GSE99203 的Series Matrix File 数据文件,注释平台为GPL14745,共6 组转录组数据,包含正常组3 例,疾病组3 例;用SVA 算法进行芯片之间的数据矫正,探讨疾病相关分子机制的差异。
1.2 方法
1.2.1 WGCNA 分析 根据患者的表达谱数据构建WGCNA 网络,探讨DCM 中相关的共表达网络。通过构建加权基因共表达网络,寻找协同表达的基因模块,并探索基因网络与表型之间的关联关系以及网络中的关键基因。利用“WGCNA-R”包构建数据集中基因的共表达网络,筛选方差前10 000 的基因用该算法进行筛选,以便进一步分析,其中软阈值设置为9。将加权邻接矩阵转化为拓扑重叠度矩阵(TOM)来估计网络连接度 ......
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