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编号:448762
基于生物信息学分析筛选肺腺癌免疫预后相关lncRNA
http://www.100md.com 2023年2月28日 医学信息 2023年第1期
共表达,因素,1材料与方法,2结果,3讨论
     思璐,秦秋雯,沈印,罗双艳,何颖,张裕旭,刘柳

    (广西壮族自治区人民医院国际医疗部,广西 南宁 530021)

    2018 年国际癌症研究机构(IARC)的数据表明[1],全球绝大多数国家的肺癌发病率和死亡率均居首位,其中肺腺癌是所有肺癌中最常见的亚型,约占所有肺癌的40%。手术治疗、放化疗在肺腺癌的治疗中起着关键作用[2-4],但有50%的肺腺癌患者死于肿瘤复发[5],因此识别肺癌预测预后生物标记物,可为患者提供早期、有效的治疗。lncRNA(IRL)是由长度超过200 个核苷酸的组成的RNA,因缺少开放阅读框,不具备编码蛋白质的能力[6],但其可通过碱基互补配对,与DNA、RNA、蛋白质相互作用发挥生物学功能[7,8]。近期研究发现[9],IRL 通过调控T 细胞亚群的凋亡敏感性进而改变肿瘤微环境中T 细胞亚群的平衡,造成肿瘤的免疫逃逸。免疫系统在癌症的发展进程中起着关键作用[10]。多项研究表明[11,12],可通过鉴定免疫相关的基因以预测癌症患者的生存预后。本研究通过使用TCGA 数据库和Molecular Signatures Database v7.0 的数据,利用生物信息学的方法来鉴定潜在的免疫相关的预后性IRL 生物标志物,以期用于肺腺癌患者的预后预测。

    1 材料与方法

    1.1 数据来源 IRL 表达数据和相应的临床数据均从TCGA 数据库下载(https://portal.gdc.cancer.gov)。筛选条件如下:①肿瘤原发位点:肺癌;②病理类型:肺腺癌;③数据类型:TCGA-基因表达定量;④其余筛选条件默认或不选。根据肿瘤患者的生存时间来构建预后模型,排除临床数据不完整和总体生存率<30 d 的肿瘤标本[13],最终符合要求的有455 例肿瘤患 者。Molecular Signatures Database v7.0(http://software.broadinstitute)下载免疫相关的基因集(immune system process M13664 ......

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