基于GEO 差异基因分析及网络药理学探究真人养脏汤治疗活动性溃疡性结肠炎的分子机制研究
靶点,1资料与方法,2结果,3讨论
尹世杰,王 跃,程丽敏(1.黑龙江中医药大学第一临床医学院,黑龙江 哈尔滨 150000;2.黑龙江中医药大学第一附属医院肛肠科,黑龙江 哈尔滨 150000)
溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)是一种累及结直肠黏膜的浅表性、非特异性炎症性疾病,一般与克罗恩病(Crohn's disease,CD)统称为炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)。UC 临床特点主要为腹痛、大便次数增多、便中常见粘液脓血、反复发作;其病变部位以直肠和乙状结肠为主;病理上主要限于黏膜与黏膜下层,表现为黏膜水肿、充血、糜烂和溃疡;少数患者出现肠外表现如:骨关节、皮肤、眼、肝胆等[1]。据现有流行病学调查所示[2],该病目前在我国呈现逐年上升趋势,可能与人民生活饮食习惯的改变及胃肠镜检查的普及有关。UC 多发于20~49 岁年龄段,男女发病率差异不明显,为1.01~1.3∶1。UC 中医多归于“肠澼”“痢疾”“大瘕泄”等范畴。现在临床上针对本病的主要治疗方法包括氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、生物制剂、辩证使用中药汤剂、中药保留灌肠、针灸等,中西结合治疗常取得不错的疗效[3]。真人养脏汤出自《太平惠民和剂局方》“治大人小儿肠胃虚弱,冷热不调,脏腑受寒,下痢赤白,或便脓血……”其组成为人参、当归、白术、肉豆蔻、肉桂、甘草、白芍、木香、诃子、罂粟壳;纵观全方,以涩为主,兼顾脾肾,标本兼治[4]。本研究利用GEO 数据库及网络药理等生信学分析,构建其内在“药物-化合物-靶点”网络,并进行相关富集分析,预测此方对治疗活动性UC 的潜在靶点及作用机制,以期为以后的临床研究提供新的思路。
1 资料与方法
1.1 GEO 差异基因获取 从GEO 数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)以“ulcerative colitis”为关键词检索,过滤条件组织中勾选Homo、研究类型中勾选Expression profiling by array、时间设置为近5年;选择成年UC 患者及健康者均超过10 例的样本,使用R 程序中的程辑包“BiocManager”“GEOquory”下载并读取其数据:GSE65114、GPL16686,完成分组、基因ID 转换等操作后,对每个基因给定一系列的阵列来拟合线性模型,应用“limma”包对每个基因进行逐一比对,在Pvalue<0.05 的基因中,如果logFC>1.0(FC 即为差异倍数),则为上调基因,logFC<-1.0 ......
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