基于m6A 相关长链非编码RNA 鉴定克罗恩病的潜在诊断生物标志物
共表达,炎症性,甲基化,1资料与方法,2结果,3讨论
黄晓东,黄 衔,梁靖华,李 昂,刘琦凯,钟秀清,肖剑伟(1.深圳市中医肛肠医院外三科,广东 深圳 518031;2.深圳市福田区风湿病专科医院风湿免疫科,广东 深圳 518000)
克罗恩病(Crohn'sdisease,CD)是一种慢性、节段性、不对称分布的肉芽肿性炎症,可累及胃肠道的任何部位,主要病变常见于回肠末端和邻近的结肠[1]。研究显示[2],我国CD 发病率有明显上升趋势。然而,目前缺乏用于诊断CD 的有效标志物。同时,在治疗上,使用美沙拉嗪和柳氮磺吡啶等药物可以在一定程度上缓解CD 的症状,但治疗效果较差。因而,更好地了解CD 发病机制可能有助于开发新的诊断及治疗方式。研究表明,长链非编码RNA(LncRNA)在CD 发病中发挥着重要作用。有研究报道[3],血浆LncRNALUCAT1 与CD 患者的疾病活动度呈正相关。Haberman Y 等[4]的研究表明,CD 患者肠道组织样本中有15 个LncRNA 存在差异表达,提示LncRNA 在CD 发病中发挥着重要的作用。m6A是RNA 中的一种核苷酸修饰方式,这是迄今为止在各类RNA 修饰中最普遍的一种,包括mRNA、microRNA 及LncRNA[5]。调节m6A 修饰的蛋白质,与肠道微生物群的改变和胃肠道癌症的发展有关[6,7]。m6A 对LncRNA 的修饰在CD 发病中的意义仍不清楚。基于此,本研究通过生物信息学分析确认m6A 相关基因调节的LncRNA,分析其与临床性状的相关性,以期为开发CD 新的诊断及治疗靶点提供帮助。
1 资料与方法
1.1 数据检索 在GEO(www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)中以“Crohn’s disease”作为关键词,检索得到GSE94648(22 个健康对照、50 个CD 患者)数据集,该数据集包含了患者临床数据。
1.2 数据合并及重注释 使用Perl 软件(版本5.30.2)对数据集进行基因注释以区分mRNA 及LncRNA。
1.3 提取m6A 甲基化基因及LncRNA 根据当前的研究确定了21 个m6A 相关基因 ......
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