基于糖酵解相关基因GFUS 对三阴性乳腺癌疗效预测模型构建与验证
共表达,1材料与方法,2结果,3讨论
章海斌,王 练(蚌埠医学院第一附属医院肿瘤内科1,中医科2,安徽 蚌埠 233000)
三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)是一类特殊类型的乳腺癌,由于其缺乏雌激素和孕激素受体以及人表皮生长因子受体2(Her-2)的表达,表现出不同组织学类型,基因组和免疫特征,因而被单列为一类疾病[1]。流行病学资料显示[2],TNBC 的发生率占所有乳腺癌的15%~20%,好发于绝经前40 岁以下的年轻女性。TNBC 具有高侵袭的特性,术后复发率高,约25%,且术后复发时间仅为19~40 个月,远低于非TNBC 患者的35~67 个月。远处转移发生率约46%,多累及脑及其他内脏器官,转移后的中位生存时间为13.3 个月。因此其5 年死亡率远高于其他类型乳腺癌,达40%。复发后TNBC患者发生3 个月内概率高达75%[3]。基于TNBC 的异质性与难治性,建立有效的预后生物标志物对TNBC 患者准确预后和合理治疗策略至关重要。越来越多的证据表明,有氧糖酵解是癌细胞的重要代谢过程。不管是否有充足的氧气,肿瘤细胞主要利用糖酵解来产生能量,并且具有较高的糖酵解率。这种有氧糖酵解表型被称为Warburg 效应[4]。Warburg 效应已在不同类型的实体肿瘤中得到证实,包括乳腺癌[5]。因此,靶向糖酵解过程可能成为TNBC 的潜在治疗靶点。GFUS 又称组织特异性移植抗原P35B,是一种NADP(H)结合蛋白,催化GDP-D-甘露糖代谢中的两步外聚酶和还原酶反应,将GDP-4-酮-6-D-脱氧甘露糖转化为GDP-L-岩藻糖,在糖基化过程中起着关键作用[6]。GFUS 表达的增加可以同时诱导核心岩藻糖蛋白和岩藻糖蛋白的升高。这种异常的岩藻糖基化在结直肠癌、肝癌、肺癌、黑色素瘤、食管癌等肿瘤中都普遍存在,其调控肿瘤细胞的增殖、侵袭和迁移、血管生成、转移、免疫逃逸等方面发挥作用[7-9]。研究发现[10],GFUS 的高表达在乳腺癌的发生发展中起重要作用,可作为乳腺癌的独立分子标志物。因此,本研究通过应用多种生物信息学方法,实现GFUS 共表达基因鉴定,构建了TNBC 的预后模型,以期对指导TNBC 个体化治疗提供新思路。
1 材料与方法
1.1 资料来源 从TCGA(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)获取160 例TNBC 肿瘤样本与113 例癌旁正常组织样本的基因转录组数据及临床数据 ......
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