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编号:114570
铜死亡相关miRNAs 在乳腺癌中的预后价值及与免疫微环境的关系
http://www.100md.com 2024年3月7日 医学信息 2024年第2期
检查点,基因,1资料与方法,2结果,3讨论
     王艺馨,符德元

    (1.扬州大学医学院,江苏 扬州 225000;2.苏北人民医院甲状腺乳腺外科,江苏 扬州 225000)

    乳腺癌(breast cancer,BC)仍是目前全球女性死亡的主要原因。随着乳腺癌筛查和新治疗策略的普及,患者5 年生存率已高达90%,然而其发病率及死亡率仍呈增长趋势[1,2]。并且由于乳腺癌的高度异质性,具有相同亚型和TNM 分期也可出现截然不同的预后[3]。因而,急需寻找有潜力为乳腺癌患者早期发现、诊断、治疗以及预测预后的新型生物标志物。铜(Cu)是生物体所必需的微量金属元素,而金属离子过多或过少都会导致细胞死亡[4]。Tsvetkov P等[5]在研究携带铜离子的细胞死亡过程中发现了一种新的细胞死亡模式,涉及胞内铜离子,并受其调节,称为铜死亡(cuproptosis)。铜死亡是通过铜与三羧酸循环的脂酰化成分直接结合发生的,引起脂酰化蛋白质聚集和随后的铁硫簇蛋白丢失,最终导致蛋白质毒性应激致细胞死亡。MicroRNAs(miRNAs)是一类小的非编码RNA 分子,通过降解mRNA 或抑制mRNA 翻译成蛋白质来调控广泛的生物过程[6]。另外,研究发现miRNAs 可通过调节缺氧、铁死亡等途径参与癌症的进展、转移和免疫治疗反应[7,8]。然而目前缺乏对乳腺癌中miRNAs 在铜死亡过程中的功能作用的研究,以及在预测乳腺癌患者预后中的作用。本研究构建了铜死亡相关miRNAs 的预后模型,以评估其与乳腺癌患者预后关系,旨在为乳腺癌的早期诊断以及治疗提供新的方向。

    1 资料与方法

    1.1 数据的获取与处理 从TCGA-GDC 数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)下载获得乳腺癌患者完整的miRNA 数据和RNA-seq 数据以及临床信息数据,并通过Perl 软件进行数据整理。TCGA 数据库向公众免费开放,因此不需要额外的伦理证明。

    1.2 铜死亡相关基因与miRNA 的筛选 通过R 软件limma 包对铜死亡相关基因与miRNA 进行Pearson相关性评估。若|r2|>0.3;P<0.001,则被认为显著相关。edgeR 包用于比较筛选肿瘤样本和正常样本之间的差异的mRNA 和铜死亡相关的差异的miRNA,过滤标准为FDR<0.05 和|log2FC|>1。

    1.3 预后基因筛选及模型构建 收集患者临床资料,通过R 软件survival 包对铜死亡相关差异表达基因行单因素Cox 分析得到预后相关基因(P<0.05) ......

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