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编号:114571
基于分子生物信息学分析DYNC1H1 在肝癌中的表达及意义
http://www.100md.com 2024年3月7日 医学信息 2024年第2期
癌症,数据库,1材料与方法,2结果与分析,3讨论
     韦 程,董明右,2,宗子傲,2,王俊利,2,范传滨,2

    (右江民族医学院研究生学院1,医学检验学院2,广西 百色 533000)

    肝癌(liver cancer)是消化系统恶性程度极高的肿瘤之一,易复发、易转移,进展期死亡率极高[1],目前缺乏有效的早期肝癌诊断标志物和方法。随着高通量技术,如测序技术和转录组学探索理论和技术的飞速发展,其在肿瘤损伤机体机制的分析中起着非常重要的作用。动力蛋白在动物体内的主要功能是细胞质动力蛋白(cytoplasmic dynein 1,Dynein)和轴突动力蛋白[2]。Dynein 负责逆行导向转运细胞微管,并在细胞进行有丝分裂时发挥作用,轴突动力蛋白主要分布于鞭毛和纤毛的组装。Dynein 由若干条轻链和6条不同分型的二聚体链构成,6 条二聚体链分别是2 条DYNC1H1(Cytoplasmic Dynein 1 Heavy Chain 1)、DYNC1I1、DYNC1I2、DYNC1LI1、DYNC1LI2[3]。Dynein 调节细胞有丝分裂并与一些癌症的相关过程联动进而加速肿瘤的形成,如果Dynein 的功能受到破坏,有丝分裂过程可能会变得异常,这个过程反而会抑制肿瘤的产生和发展。已经研究证实DYNC1H1 可作为潜在的生物标志物辅助诊断结直肠癌[4],在胰腺癌中也发现了DYNC1H1 的突变[5]。除重链之外,已经有研究表明Dynein 的轻链表达滴度跟几种常见的人类癌症有关。Dynein 已经成为有效的抗癌药物靶点标记,并研究出使Dynein失去活性,进一步降低介导平滑肌运动的Hedgehog途径[6]。因此,Dynein 不仅在癌症病理机制上提供见解,还在临床药物治疗方案上展现可观的潜能。DYNC1H1 突变通常会引起一些伴常染色体呈显性遗传的影响智力发育表现的疾病,但在肝癌中DYNC1H1 的表达和基因改变情况、临床意义并不明确。本研究主要运用线上生物信息分析平台,在TCGA 项目和GEO 数据库对DYNC1H1 进行了肝癌分析,主要包含肝癌患者的病理标本,癌旁组织以及正常肝脏对照样本数据,包括表达差异、表达水平与生存之间的相关性、基因改变、免疫浸润和相关的细胞通路,以求揭示DYNC1H1 表达水平与肝癌发生发展的关联,肝癌中DYNC1H1 基因变异的情况,以获得DYNC1H1 对肝癌预后的价值和其他潜在的功能。

    1 材料与方法

    1.1 基因和蛋白表达分析 TIMER2.0 数据库是能系统评估各种癌症类型免疫浸润的综合数据库,提供多种方法评估免疫浸润程度 ......

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