基于单细胞测序数据的拉克罗斯病毒感染神经系统细胞基因表达差异分析









摘要:目的" 分析受拉克罗斯病毒(LACV)感染的人脑类器官细胞不同亚群相关基因表达差异,揭示不同亚群之间的转录组特性。方法" 选择GEO数据库中编号为GSE131434的单细胞转录组数据,包含2个样本,1个为模拟感染COs的作为阴性对照组,1个为受LACV感染的COs。采用R语言“seurat”包对数据进行过滤、归一化、主成分分析、UMAP聚类分析,寻找COs亚群。通过“SingleR”包进行基因注释,“iTALK”包分析细胞通讯。通过“clusterProfile”包对差异基因进行富集分析,后构建PPI网络筛选关键基因。结果" 单细胞测序数据分析表明,受感染的COs能够分成7个细胞亚群,3种细胞类型,分别为浆细胞样树突状细胞、祖细胞、髓样树突状细胞 ......
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