噶尔丹回到漠北，表面向清朝政府表示屈服，暗地里却重新招兵买马。康熙三十三年(1694)，康熙皇帝想约噶尔丹会见，订立盟约，以罢兵休战。可是，噶尔丹没来还不说，他还暗地派人到漠南煽动叛乱。他甚至扬言他们已经向沙俄政府借到鸟枪兵六万，将大举进攻，猖狂至极。

    康熙三十五年(1696)，康熙皇帝决定第二次亲征，又是打得噶尔丹落花流水，最后噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。经过康熙皇帝的两次亲征，噶尔丹叛乱集团也算是土崩瓦解了，但是噶尔丹残余势力仍然继续顽抗。康熙三十六年(1697)，康熙皇帝第三次带兵渡过黄河亲征。这时的噶尔丹已经很狼狈了，他原来的根据地伊犁已经被他侄儿占领；噶尔丹的残部听说康熙皇帝再次亲征，有的望风而逃 ......