马蓝与路边青的matK序列差异与分子鉴定方法分析(2)

http://www.100md.com 2016年6月1日 《中国民族民间医药·下半月》2016年第6期

     1 材料与方法

    1.1 样本 从GenBank(美国国家生物技术信息中心(NCBI)建立的DNA序列数据库)下载马蓝(Baphicacanthus cusia(Nees )Bremek.)与路边青(Clerodendrum cyrtophyllum Turcz.)的matK基因序列。其中，获不同来源的马蓝matK序列各8条，路边青matK序列各12条；样品采集信息及matK序列的GenBank登录号见表1。

    1.2 序列处理 应用ClustalX 2.1软件对实验所获所有不同来源的matK序列进行多重对比，获得多重比对的matK序列，应用该序列进行SNP鉴别位点分析及后续遗传距离及系统聚类分析。

    1.3 数据分析 利用MEGA5.0该软件对经过多重比对的受试序列进行种内种间Kimura 2-parameter (K2P)遗传距离分析，并构建邻接(NJ)系统聚类树。

    2 结果

    2.1 马蓝与路边青的matK序列中SNP位点分析 所获序列经ClustalX 2.1软件进行多重序列对比分析显示 ......