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编号:12980374
DNA条形码在主要滇产石斛鉴别中的应用(2)
http://www.100md.com 2017年1月1日 《中国民族民间医药·下半月》 2017年第1期
     22PCR扩增PCR 体系总体积为 25 μL, 其中包含: 2×Taq PCR Mix 125 μL、DNA 模板 2 μL、ddH2O 85 μL、引物各 1 μL。PCR 反应条件及引物序列见表2。扩增结束后,用1% 琼脂糖凝胶电泳检测,凝胶成像分析系统分析。

    23纯化测序PCR产物送上海生工进行纯化后,测序。测序工作由上海生物的ABI-PRISM3730DNA自动测序仪完成。每个产物样品采用双向测序。

    24数据处理测序峰图采用Contigexpress序列拼接软件校对拼接,去除低质量序列及引物区,利用MEGA 50对拼接后序列进行手工排序矫正后,比对分析;同时从 GenBank 数据库中搜集并下载未获得的ITS、 psbA-trnH、rbcL、matK序基因序列;共计221条(实验获得和GenBank下载);运用 MEGA 50 软件,以密花石豆兰 (Bulbophyllum odoratissimum) 为外类群[5],并基于K2P 距离模型构建NJ系统发育树[6],计算种间种内的K2P遗传距离;采用Taxon DNA软件做出各候选序列的barcoding gap图 ......
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