邵营波，张 瑾

    到目前为止，人们对肿瘤发生机制的认识可归纳为几个基本假说，即基因突变、染色体易位、表观遗传修饰和干细胞起源。然而到目前为止，仅有一小部分的基因变异得到证实，获得的信息非常有限。而那些在肿瘤发生、发展过程中起关键作用的基因变化还不明确。因此，要回答基因突变与肿瘤关系这一问题，首先需要揭示全部基因变异的规律，进一步利用这一研究成果，实现肿瘤个体化治疗。而实现这一目标的前提在于要从全基因组水平上阐明肿瘤基因变异的规律，这不仅是分子医学发展的基础，也是未来医药科学发展的基础。而人类基因变异组计划(HVP)[1]为肿瘤全基因组及其他疾病的研究开辟了新的道路，具有广阔的发展前景。

    人类基因组计划的完成标志着后基因组时代的开始，人类基因组计划完成了人类基因组的全部测序工作，为后基因组时代研究基因如何影响生命活动奠定了坚实的基础。随着越来越多的基因变异被研究者发现，亟须建立一个完善的系统来收集、记录、储存这些变异基因信息以指导临床实践和基础研究。2006年，HVP正式启动，HVP是一项浩大的首创性国际合作工程，旨在收集所有与人类疾病相关的遗传变异，使得全世界的临床医生和科学家能够共享这些疾病相关遗传数据，应用于基础研究和临床实践中[2-4]。

    1 HVP研究背景

    基因变异与大约10%的人类疾病相关，据推断，在世界范围内有60%的人口受到基因变异的影响，5%的人口受基因变异影响的时间超过25年。1949年，人类已经在分子水平上详细阐释了与疾病相关的基因变异，但是直到20世纪80年代，基因变异数据的收集整理工作才由Victor Mckusick教授启动，由他建立的人类孟德尔遗传在线数据库 (online Medelian inheritance in man，OMIM)搜集了大量的基因变异信息。人类基因突变数据库(HGMD)[5-6]是由英国卡尔地夫医学遗传研究所构建的，从约250种期刊中收集突变信息。用计算机和手工结合的方法来扫描这些期刊以寻找相关基因变异信息，包括在编码区、调控区和剪接区域的点突变，还包括插入、缺失、复制及重复。OMIM以及后来建立的HGMD收集了已经发表的基因变异信息，但是在实验室和临床中发现的但尚未发表的基因变异信息并未收录在内。

    为了解决基因变异数据系统性收集的问题，1994年，在美国人类遗传学的蒙特利尔会议上，一些遗传学家提出建立位点特异性变异库 (locus specific databases，LSDBs)[7]，收集与某一特定基因相关的突变信息。这次会议促使国际人类基因组组织 (HUGO)成立了人类基因组织突变数据库行动组 ......