PCR-核酸飞行时间质谱系统检测新型冠状病毒方法的建立及应用研究
定量,1资料与方法,2结果,3讨论
王俊,张栋,陈晴晴,俞俊岭,杨奕,乔亮,孙永*冠状病毒属套式病毒目(Nidovirales)冠状病毒科(Coronaviridae)冠状病毒属(Coronavirus),是自然界广泛存在的能够感染人和动物的一大类病毒家族。系统发生树显示,冠状病毒可分为:α、β、γ、δ四个属,其中β属冠状病毒又可分为A、B、C、D四个亚群。由2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引发的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)是目前被鉴别的第7种可以感染人的冠状病毒[1]。SARS-CoV-2为β属冠状病毒,有包膜,颗粒呈圆形或椭圆形,常为多形性,直径60~140 nm,基因组为一条完整的单股正链RNA[2]。
SARS-CoV-2引起的肺炎,对全球公共卫生体系构成了巨大的威胁。截止到2020-05-09,全球范围内报道的确诊病例已经超过四百万例,死亡276 473例[3]。因此建立SARS-CoV-2快速、准确的鉴别手段,对于治疗方法的选择、挽救生命和防止疾病蔓延具有十分重要的意义。《新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第七版)》[2]指出:SARS-CoV-2的病原学检查推荐采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time PCR)和/或高通量测序(NGS)方法,但一直以来,核酸提取和检测过程中,假阴性和假阳性情况也是不争的事实,国家卫生健康委临床检验中心在全国31个省份(含自治区、直辖市)开展的新型冠状病毒核酸检测室间质量评价也证实了这一点[4]。
20世纪80年代出现的基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术[5],在核酸和蛋白质等生物大分子检测方面的研究,极大地推动了基因组学和蛋白组学的发展,而对于PCR-核酸飞行时间质谱(PCR-TOF MS)的应用主要集中在多重单核苷酸多态性(SNP)位点[6]的基础上。PCR-TOF MS检测方法结合多重PCR技术、单碱基延伸技术和飞行时间质谱系统,对延伸后的不同片段的核酸序列进行分子量检测,无须进行荧光信号的采集,同时,PCRTOF MS系统还可检测出延伸探针与延伸产物之间只有一个碱基的分子量差异,其检测范围在1 000~10 000 Da[7]。因此可通过设计SNP位点,从而达到中等通量检测的目的。
本研究价值:
本研究应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)原理,在Clin-ToF-Ⅱ飞行时间质谱系统上 ......
您现在查看是摘要页,全文长 14281 字符。