去势抵抗性前列腺癌潜在关键基因的生物信息学分析
细胞周期,生存期,1资料与方法,2结果,3讨论
董婧婷,衡立,康绍叁,刘健,田志崇,张立国,张金存,李治国,沈宏,曹凤宏*本研究价值:
本研究从基因、通路到预后的角度深入挖掘了与去势抵抗性前列腺癌相关的基因,并发现CDC20、MAD2L1 和NUSAP1 与去势抵抗性前列腺癌的发生、发展密切相关,为去势抵抗性前列腺癌的预防和治疗提供了新的研究方向。
前列腺癌(prostate cancer,PCa)是癌症相关死亡率第二高的恶性疾病[1],目前主要采取雄激素剥夺疗法(androgen-deprivation therapy,ADT)进行治疗[2]。据报道,10%~20%的PCa 患者对ADT 产生抵抗,最终演变为去势抵抗性前列腺癌(castration-resistant prostate cancer,CRPC),且中位生存期仅为14 个月[3],预后不良,死亡率极高[4]。已有研究发现在去势状态下雄激素受体(androgen receptor,AR)信号的传导与CRPC潜在分子机制有关[5],但具体机制仍不十分清楚,且目前临床上尚无有效治疗CRPC 的方法。因此亟须寻找新的关键基因,为临床诊疗提供新思路。
生物信息学是一门分析理解生物数据的学科,其可以在生物体表达的不同位置、不同通路中进行富集,从而发现与疾病相关联的生物信息,还可根据基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)综合分析,获取在癌症相关疾病中较为稳定的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),是一种能有效发掘癌症相关疾病基因表达谱的重要工具[6]。已有研究应用生物信息学方法找到与PCa 相关的关键基因。SUN 等[7]通过生物信息学分析鉴定出ARHGEF38 等关键基因和PCa 进展相关;SHEN 等[8]运用基因表达分析揭示了与PCa 预后相关的关键基因并提出靶向细胞周期通路可能与PCa 的预后和治疗相关;GU 等[9]采用生物信息学方法确定了TOP2A、CCNB2 等关键基因可促进PCa 的发展和转移。为进一步找到和CRPC 发展密切的候选基因,本研究通过生物信息学方法挖掘与CRPC 进展相关的关键基因。
本研究结合CRPC 和PCa 样本的基因表达谱,首先对数据集进行处理,筛选DEGs,分析DEGs 的功能和途径以及疾病的信号通路。然后构建PPI 网络,对重要模块进行分析并筛选出具有生存意义的关键基因,本研究结果可为CRPC 发病机制、治疗和预后的相关研究提供新思路。
1 资料与方法 ......
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