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编号:357730
基于生物信息学筛选活动性结核差异基因和验证*
http://www.100md.com 2022年2月21日 现代医药卫生 2022年第3期
结核病,1资料与方法,2结果,3讨论
     马庆庆,龚亚东,刘木波,韩晓静,陈云华,唐 竹

    (贵州航天医院中心实验室,贵州 遵义 563000)

    结核病是由结核分枝杆菌感染所致,是在世界大范围流行并严重威胁人类健康的传染病。世界卫生组织(WHO)估计,2018年约有1 000万新增结核病患者,死亡人数高达120万人,在致死性传染性疾病中排名第一[1]。流行病学研究表明,全球约有17亿人感染结核分枝杆菌,但其中绝大部分人处于潜伏感染状态而不发病,5%~10%的感染者最终发展为活动性结核(PTB),在结核病发展过程中机体免疫功能发挥了关键作用[2-3],但具体分子机制至今尚未明确。因此,寻找与疾病相关的信号通路有助于阐明疾病发生、发展机制。

    随着高通量测序技术和基因组学的发展,以基因芯片为代表的基因表达分析数据呈指数增长趋势,通过基因芯片筛选出差异基因可在短时间内获得大量与疾病相关的基因信息,在研究疾病发生、发展的相关基因和信号通路等方面发挥着重要作用[4-5]。本研究下载并分析了美国国立生物技术信息中心的基因表达数据库(GEO)中的2个芯片数据集(GSE29536和GSE42834)[6-8]。筛选得到PTB和健康者差异基因,再对差异基因进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,构建了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,对PPI网络进行核心模块筛选和信号通路富集分析,后续参照文献[9-10]进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)验证。探究了与PTB相关的基因和信号通路的功能变化,旨在为明确PTB发生的分子机制提供重要依据。

    1 资料与方法

    1.1数据来源 2021年3月在GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)中输入关键词“Active /Pulmonary Tuberculosis,blood”进行表达谱数据集搜索 ......

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