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编号:354938
肺腺癌预后相关关键基因的生物信息学分析
http://www.100md.com 2022年7月1日 现代医药卫生 2022年第12期
生长因子,受体,1资料与方法,2结果,3讨论
     温海燕,朱玉坤,曹立宇

    (安徽医科大学附属阜阳医院病理科,安徽 阜阳 236000)

    肺癌是全球患病率、病死率最高的恶性肿瘤之一,作为肺癌主要类型的肺腺癌患病率占全部肺癌的30%~35%,属于非小细胞肺癌(NSCLC)范畴[1]。近年来,由于吸烟和空气污染,肺腺癌患者数量正在上升[2]。有研究表明,晚期肺腺癌患者总体5年生存率低于15%;尽管出现了多种治疗肺腺癌的新方法,如靶向治疗和免疫治疗,但长期生存率仍然很低[3-4]。其中一个主要原因是大多数患者在晚期才被诊断出来。早期诊断是提高肺癌患者生存率和预后的最有效策略之一[5-7]。因此,了解肺腺癌发生、发展背后的分子机制,并确定可在疾病早期检测到的生物标志物,以期设计新的治疗药物以提高患者的生存率至关重要。

    随着微阵列技术和高通量测序技术的快速发展,能够有效筛选肺腺癌的基因表达变化,已被证明是筛选良、恶性疾病早期生物标志物较有价值且高效的方法[8-9]。本研究利用生物信息学方法,从GEO数据库中下载2个相关mRNA微阵列数据集,通过分析筛选出差异表达基因(DEGs)并进行富集分析,找出关键基因——Hub基因,再对Hub基因进行多个数据库的比对验证,以期找到肺腺癌发生、发展的关键靶点。

    1 资料与方法

    1.1资料来源 GEO数据库隶属于美国国立生物信息中心,是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源。为使筛选的结果更为可靠准确,以“lung adenocarcinoma”为关键词筛选出符合条件的基因芯片数据集——GSE63459和GSE27262。GSE63459包含33例Ⅰ期肺腺癌患者中肿瘤(T)组织和32例相邻正常(N)癌旁组织,从肿瘤和与之匹配的非肿瘤肺中提取细胞总RNA,并与平台芯片阵列杂交,数据集平台为GPL6883[Illumina HumanRef-8 v3.0 expression beadchip]。GSE27262中包含25例Ⅰ期肺腺癌患者中肿瘤(T)组织和25例相邻正常(N)癌旁组织的RNA提取和微阵列杂交数据,数据集平台为GPL570[HG-U133_Plus_2]。

    1.2方法

    1.2.1DEGs分析 使用GEO芯片平台的注释文件将数据集——GSE63459和GSE27262原始矩阵文件中的探针符号转换为基因名。GEO2R是一个在线网络工具(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/),由GEO提供,用于比较GEO数据集,以确定试验条件下的DEGs ......

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