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编号:354815
宏基因二代测序在儿童肺炎病原体检测中的应用
http://www.100md.com 2022年12月6日 现代医药卫生 2022年第15期
基因组,检出率,1儿童肺炎病原学检测现状,2宏基因二代测序(mNGS)在儿童肺炎病原体检测方面的应用进展,3mNGS目前存在的问题,4结语与展望
     邢芮宁 综述,李渠北 审校

    (重庆医科大学附属儿童医院,重庆 400014)

    肺炎造成儿童死亡的人数超过任何其他传染病。根据2020年联合国儿童基金会数据显示,肺炎是5岁以下儿童首要死因,平均每39秒就有1例儿童死于肺炎[1]。其病原体快速且准确地鉴定是儿童肺炎早期明确诊断和合理用药的基础。目前,临床上被广泛使用的病原学检测方法仍然是基于19世纪80年代由巴斯德开创的基于培养的技术[2],在检测速度及灵敏度等方面具有较大局限性。近年来,随着宏基因二代测序(mNGS)技术的出现,为明确肺炎病原体提供了一种新的检测方法。该技术具有通量高、敏感性高的优势,可以同时检测几百万到上亿条核酸序列,提高了全基因组的测序速度,并降低了单个碱基测序的成本[3-5]。

    1 儿童肺炎病原学检测现状

    肺炎作为临床上常见的儿童呼吸道感染性疾病,病原体包括细菌、真菌、病毒、肺炎支原体、衣原体等,种类繁多、构成复杂。肺炎发病率高,致死率可达30%~50%,对儿童生命及健康构成严重威胁[6],早期识别病原体对指导肺炎的诊疗及改善预后具有很大帮助。

    传统病原学检测方法包括病原分离培养、血清学抗体检测、抗原检测、聚合酶链反应(PCR)技术等。病原分离培养法作为目前临床诊断的“金标准”,在临床上最为常用。该检测技术可以检测多种病原体,并且根据药敏试验结果对临床治疗给予相应指导,但培养周期长,且操作过程复杂。此外,长期的抗生素使用会降低培养敏感性,即使检测结果为阴性,也不能完全排除感染[7]。血清学抗体检测法通过免疫学方法明确感染后患儿免疫状态,无须经过培养,对于传统培养基下不易生长的病原体具有一定检测优势,但对于免疫系统发育不全及免疫力低下的患儿,容易产生假阴性结果[8]。抗原检测方法主要针对血清型较少、细胞培养不能增殖的呼吸道病原体,其检测标本范围广,无论是痰液、支气管肺泡灌洗液(BALF),还是胸腔腹水均可作为标本,其特异性高、操作简便、反应时间短,对于病程中使用过抗生素治疗的患儿仍可以检测出病原体[9],已逐渐成为儿童肺炎病原体检测的主流方法[10-11],但与其他检测方法相比,其敏感性较低。PCR技术是一种体外介导DNA序列酶促反应合成的分子生物学技术,具有操作简单、特异性及敏感性高等特点,且检测结果几乎不受抗生素影响,对混合感染的病原学诊断尤其适用,近年来临床应用价值逐渐提升。但PCR技术对操作规范和质量控制要求严格,且容易产生假阳性结果,与病源分离培养相比,不能反映药敏试验结果及耐药性[12] ......

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