当前位置: 首页 > 期刊 > 《现代医药卫生》 > 2022年第24期
编号:354417
基于铁死亡基因结肠癌分子预后模型的建立与分析
http://www.100md.com 2023年1月4日 现代医药卫生 2022年第24期
检查点,生存率,1材料与方法,2结果,3讨论
     黄 奔,孙姗姗,王 洁,赵 鸿△

    (南京医科大学第一附属医院:1.检验学部;2.放射科,江苏 南京 210009)

    结直肠癌是世界范围内第三大常见恶性肿瘤,据预计至2030年全球将有超过220万新发病例和110万死亡病例[1]。有学者指出,转移性结肠癌患者5年生存率仅为14%[2]。肿瘤患者的治疗决策和预后预测主要依赖于TNM分期系统[3]。然而TNM分期对患者预后的评估存在局限性,如即使患者处于同一分期,其预后结局可能明显不同[4]。因此,分子预后便受到了研究者的关注。

    铁死亡是区别于细胞自噬和细胞凋亡的一种新型细胞死亡形式,是一种铁依赖性和活性氧(ROS)依赖性细胞死亡[5]。有研究表明,在多种生理条件和病理应激下均可引发铁死亡,在肿瘤发生过程中发挥了关键作用[5]。DU等[6]指出,HSPA4、ISG20L2、NRAS、IL17D、NDRG1、ACSL4、G6PD 7个铁死亡基因在预测肝细胞癌预后方面可能比传统临床病理因素更稳定、可靠。胡文龙等[7]利用癌症基因图谱(TCGA)数据库构建了基于5个铁死亡相关基因的肺鳞癌预后模型,对肺鳞癌患者的个体化治疗提供了参考。因此,铁死亡相关基因的分子预后模型被许多研究者认为可作为癌症患者预后决策[8-9]。本研究通过利用TCGA结肠癌数据集,分析铁死亡相关基因在结肠癌中的分子作用机制,构建了基于铁死亡基因结肠癌分子预后模型,旨在为结肠癌提供新型分子预后标志物,为结肠癌的诊疗及预后评估提供参考依据。

    1 材料与方法

    1.1材料来源 在TCGA数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)中下载结肠癌转录组测序数据和患者临床信息。共有结肠癌组织473份,正常组织41份。从文献中检索铁死亡相关基因,并在铁死亡数据库FerrDb(http://www.zhounan.org/ferrdb/)下载铁死亡相关基因的数据集文件,包括驱动基因、抑制基因和基因标志物,将铁死亡基因与患者基因表达数据进行合并,获取患者铁死亡相关基因表达数据。

    1.2方法

    1.2.1功能富集分析 以|log2FC|>1,FDR<0.05为条件,使用R 4.1.0软件中的“limma”程序包对铁死亡相关基因进行差异表达分析,使用“clusterProfiler”程序包对差异表达基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析 ......

您现在查看是摘要页,全文长 9083 字符