基于高通量测序分析槟榔原籽贮藏过程中真菌群落结构
1材料与方法,1材料与试剂,2仪器与设备,3试验方法,2结果与讨论,1测序数据处理与分析,2高通量测序数据统计分析,3物种分类及鉴定,4讨论,3结论
蒋雪薇 李 浩 熊久松 邓建阳, 徐欢欢 姚 力 罗晓明*(1 长沙理工大学化学与食品工程学院 长沙410114 2 湖南益阳皇爷食品有限公司 湖南益阳413000)
槟榔是一种地方特色小食品, 国内主产于海南,加工地主要在湖南[1]。 现代食用槟榔食品起源于湖南省湘潭市,在上世纪90年代开始使用现代化方法组织加工和生产, 现在已经发展成为一种遍布湖南全省并不断向全国扩散的休闲食品[2-3]。目前,湖南槟榔食品年产值达到300 亿,占全国槟榔食品总产值的四分之三, 是湖南食品行业中极具特色的产业之一。 产于海南的槟榔鲜果经干制后制成原籽运至湖南加工,根据原籽的贮藏时间,将当年处理得到的原籽称为新籽, 而贮藏1年及以上的原籽称为老籽。 由于槟榔成果时内生菌以及运输贮藏条件的影响,所以无论新籽还是老籽,在其贮藏过程中会出现长霉的现象, 而霉变的槟榔原籽不能进入后续加工环节。 大面积的霉变往往造成加工企业的重大损失。为减少原料损失,槟榔加工企业开始研究原籽的防霉。 分析原籽中霉菌的群落结构,从而得出原籽中霉菌污染途径,是设计有效防控方案的基础, 因此研究槟榔原籽中污染霉菌的基本信息对槟榔原籽防霉技术研发具有重要的指导意义[4-5]。
由于槟榔食品的地域局限性, 所以关于其污染菌的研究较少, 且多采用传统的菌种分离及鉴定方法为主,所得菌群信息较少且准确程度不高。银波[6]、文大缀等[7]通过霉菌形态特征,发现原籽及生产过程中优势霉菌分别为青霉及毛霉; 徐远芳等[8]通过ITS 序列测定,发现成品槟榔中两种主要污染霉菌分别为类棒菌状红球菌(Rhodococcus corynebacterioides)和黄曲霉(Aspergillus flavus)。近几年运用较多的分子生物学方法, 如变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)[9]、温度梯度凝胶电泳技术和基因文库法则未见报道。 高通量测序(HTS)技术是近几年基因组学研究中应用最广泛的测序技术, 其对微生物群落结构的研究具有明显的先进性和优势, 能对不同菌群进行准确定量及实时检测。目前,高通量测序技术已广泛运用于肠道及土壤等样品的菌群多样性分析等多个领域[10-13]。 近期,高通量测序技术也开始运用于红酒、奶酪等较复杂的微生物发酵体系的研究[14-17]。本文利用高通量测序技术对不同槟榔原籽的真菌群落结构进行研究, 建立一套适用于固体食品物料的高通量测序方法 ......
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