膜结合态多酚氧化酶生物学信息分析
富士,水性,1材料与方法,2理论方法和步骤,2结果与分析,1富士mPPO氨基酸组成及特性分析,2富士mPPO二级结构预测分析,3富士mPPO疏水性分析,4富士mPPO跨膜分析,5富士mPPO亚细胞定位,3结论
刘 芳 韩倩云 倪元颖*(1西北农林科技大学食品科学与工程学院 陕西杨凌 712100
2中国农业大学食品科学与营养工程学院 北京 100083)
多酚氧化酶(PPO)是苹果褐变的关键酶[1]。随着研究的深入,研究者发现PPO不仅导致果蔬的褐变,其在植物逆境胁迫防御[2]、次生代谢及细胞死亡方面都有着非常重要的作用[3]。有研究表明:PPO可分为可溶态和结合态,苹果中可溶态只占8%~15%[4-5]。Guardo等[6]研究表明新鲜苹果加工中褐变与PPO的表达相关,利用蛋白组学技术研究苹果褐变机理,发现一个新的基因型(Md-PPO)与褐变差异性相关。Mellidou等[7]通过基因技术研究苹果采后贮藏中果肉褐变机理,发现两种PPOs被诱导。综上研究表明苹果褐变问题与PPO存在形式密切相关。国内外对游离态多酚氧化酶生理、生化特性方面的研究取得了较多成果,而对膜结合态多酚氧化酶(mPPO)在褐变中的作用以及其对果实伤害褐变的调控研究甚为缺乏。蛋白质的结构是其功能的分子基础,了解蛋白质的结构,对理解、揭示蛋白质的功能具有重要指导意义[8]。在蛋白质组学的研究中,对膜蛋白知之甚少,解析膜蛋白结构,研究膜蛋白功能是当前生物学领域最前沿的研究热点之一。目前已知跨膜蛋白三维结构的只有少数几种[9]。由于膜蛋白疏水结构域的存在,蛋白在水相环境中容易聚合,使膜蛋白的纯化和结晶较为困难,这是膜蛋白结构解析的最主要瓶颈之一[10]。David[11]试图从氨基酸序列和结构来预测蛋白质功能。Johannes Hermann等[12]在《Nature》杂志封面文章上提出,对于一种未知功能的酶,基于结构来预测其活性的可能性。
mPPO活性远远高于可溶态多酚氧化酶,其对果蔬生产及贮藏影响巨大,对mPPO分子特性及结构的研究非常重要[13]。本文对富士苹果中mPPO的生物学信息进行预测,分析其二级结构、疏水性、跨膜结构及亚细胞定位等,为研究苹果中mPPO的生物特性及结构特性提供新思路。
1 材料与方法
1.1 材料
以实验室前期分离纯化的膜结合态多酚氧化酶一级结构为基础,进行生物信息学分析。
1.2 理论方法和步骤
1.2.1 富士mPPO氨基酸组成及特性分析 利用Geneva 大学 Expasy 站点(http://expasy.org/)中的ProtParam程序分析mPPO蛋白的氨基酸组成(http://web.expasy.org/protparam/) ......
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