微滴式数字PCR定量分析新生儿的肠道菌群
杆菌属,剖腹产,1材料与方法,1材料与试剂,2仪器与设备,3试验方法,2结果与分析,1不同分娩方式新生儿肠道核心菌群定量结果,2不同生育年龄产妇所生新生儿肠道菌群的定量研究,3讨论,4结论
边燕飞 孙天松 孙志宏(内蒙古农业大学 乳品生物技术与工程教育部重点实验室农业部奶制品加工重点实验室 呼和浩特010018)
近年来,越来越多的研究表明新生儿出生时已携带大量细菌。2014年,Ardissone 等[1]利用多路复用测序技术发现新生儿胎便中存在多种细菌DNA,其中含有肠球菌属(Enterococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)和肠杆菌属(Enterobacter)。同年,郭贺[2]基于Illumina测序平台对足月新生儿胎便菌群进行分析,发现胎便细菌在门水平上主要隶属于变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),其中相对含量最高的菌属包括拟杆菌属(Bacteroides)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、梭菌属(Clostridium)和链球菌属(Streptococcus)。这些研究表明新生儿的肠道菌群在母体子宫内就已经开始建立,而随后肠道菌群的发育和成熟是一个动态的非随机过程,在此过程中,肠道菌群间发生相互促进和抑制作用,并受到各种条件的影响,如分娩方式、分娩时间、喂养方式和抗生素使用情况等。
分娩方式是新生儿肠道菌群建立的一个重要影响因素。多数研究认为新生儿在自然分娩过程中会直接接触母体的阴道细菌,从而导致阴道相关微生物如乳杆菌属和普氏菌属(Prevotella)在新生儿肠道中定殖;相比之下,剖腹产是利用外科手术直接将胎儿从子宫内取出,失去了唯一能够接触产道的机会,更容易被来自母亲皮肤、医护人员或医院的环境微生物定殖[3-4]。然而,这些研究主要是利用测序方法分析分娩方式对新生儿肠道菌群结构的影响,仅能对新生儿肠道菌群进行定性分析,无法定量分析。此外,随着国家二胎政策的全面落实,以及晚婚晚育观念的深入人心,高龄孕产妇的比例在逐渐增加,有研究发现高龄产妇与胎儿早产、畸形和死亡风险的增加有关,可能对新生儿的健康具有长期影响[5],然而产妇生育年龄对新生儿肠道菌群影响的研究却未见报道。微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)作为一种新型定量技术,其原理是利用微流体回路和表面活性剂将样本预混液进行微滴化处理,制成油包水的分散微滴后进行PCR 扩增反应,并利用微滴分析仪对微滴逐个检测,最终经软件计算出目标DNA 分子的浓度。此技术具有灵敏度高,精确度高以及耐受性好等优点,无需制备标准品即可直接获得靶分子的浓度或拷贝数,能够更加精确地对环境样品中的微生物进行绝对定量分析[6]。 ......
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