基于高通量测序分析2种夹江腐乳中的微生物
芽孢,乳酸菌,1材料与方法,1样品来源及取样方法,2试剂及仪器,3平板培养,4微生物总DNA的提取,扩增和测序,5生物信息学分析,2结果与分析,1平板培养法测定微生物种类及数量,2微生物高通量测序结果,3两种腐乳样本中
万红芳 汪立平* 赵 勇 李 立(1 上海海洋大学食品学院 上海201306 2 食品热加工工程技术研究中心 上海201306 3 农业部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估实验室 上海201306)
夹江腐乳是四川省的名优特色腐乳, 产于乐山夹江县,已有150 多年的生产历史[1]。 它以黄豆为原料,经过浸泡、磨细、制坯、培菌后,加入多种辅料并装坛密封发酵而成。因其配方独特,滋味浓郁,营养丰富,食用后余香不绝,故颇受当地消费者及外地游客的喜爱。 腐乳是我国传统大豆发酵制品,具有浓郁的民族特色,有“东方奶酪”的美称。腐乳的发酵是一个复杂的生物化学过程,其中微生物的种类和数目对其品质起着决定性的作用[2]。
长期以来,研究者们通过纯培养的方法,从传统发酵食品中分离鉴定多种微生物, 然而这种方法只适用于可培养的微生物, 其含量占环境微生物的极小部分(<1%)[3]。 近年来,变性梯度凝胶电泳(Denatured gradient gel electrophoresis, DGGE)等分子生物学方法, 被广泛应用于食品中微生物的检测、鉴定和群落结构的研究[4-5]。 然而,这些方法既耗时又昂贵, 而且难以检测低丰度的微生物类群, 在微生物群落和多样性分析方面仍具有较大的局限性[6]。 高通量测序(High-Throughput Sequencing,HTS),是最近几年新兴发展的生物学技术,能一次测序数百万条DNA 分子,具有比以往方法更高的分辨率,能准确、快速揭示样本中的微生物多样性及其群落组成[7]。 目前,研究人员通过高通量测序分析多种发酵食品中的微生物, 如泡菜[7]、榨菜[8]、豆酱[9]和豆豉[10]等,发现了更加丰富的微生物类群, 说明该技术在食品微生物快速检测方面具有广阔前景。
作为一种极具地域特色的自然发酵食品,夹江腐乳中的微生物均来自于自然环境。 由于目前对其中的微生物群落组成尚不清楚, 因此可能会出现一些质量问题和安全隐患。 再加上近些年来低盐腐乳的研制与开发,使得这些问题格外突出。本试验通过高通量测序结合传统培养的方法,对比分析2 种类型的夹江腐乳——香辣腐乳和白菜腐乳(以腌制白菜叶包裹腐乳坯)中的微生物,旨在填补辣味腐乳和花色腐乳中微生物的研究空白, 为深度挖掘地域性发酵食品中的微生物资源提供依据, 同时也为夹江腐乳质量安全方面的研究提供参考依据。
1 材料与方法
1.1 样品来源及取样方法
市购2 种夹江腐乳样品——香辣腐乳和白菜腐乳,产自四川省夹江县清江酿造厂 ......
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