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编号:39781
应用Illumina MiSeq测序技术比较传统发酵乳、肉食品中细菌多样性
http://www.100md.com 2021年3月6日 2021年第2期
厚壁,杆菌属,香肠,1材料与方法,1材料与试剂,2仪器与设备,3方法,4数据处理,2结果与分析,1基因序列质量评估,2传统发酵制品菌群多样性分析,3样品菌群主成分分析,4发酵制品菌群结
     杜 瑞,王柏辉,罗玉龙,王 宇,田建军,沙如拉,靳 烨*

    (1 内蒙古农业大学 呼和浩特010018 2 内蒙古乌拉特中旗畜牧工作站 内蒙古巴彦淖尔015300)

    我国内蒙古地区草原资源丰富,畜牧养殖业历史悠久,形成了这一地区丰富的乳、肉发酵制品,并拥有大量的益生菌资源。传统发酵乳制品是以品质较好的牛乳、羊乳及马乳为原料,经过乳酸菌、双歧杆菌和酵母菌等发酵成的一类具有独特风味,并可以调节肠道菌群和提高蛋白质和维生素代谢作用的一类产品,代表产品有酸奶、奶豆腐及干酪[1-4]。发酵肉制品是以新鲜牛肉、羊肉、马肉为原料,吊挂于阴凉处,利用微生物或酶的发酵作用而形成的风味独特的一类肉制品[5]。

    在发酵食品中的微生物包括乳酸菌、微球菌和酵母等,它们在其制品风味的形成和安全性方面都发挥了各自独特的作用。乳酸菌可分解碳水化合物产生乙酸、双乙酰,酵母菌可分解产生乙醇等物质。受地理环境、人为因素等影响,不同地区、同种发酵食品和同一地区、不同工艺发酵食品的品质特性存在较大差异,这归因于不同的微生物群落。张敏等[5]利用16SrDNA 高通量测序技术分析新疆西北部地区乳品中的微生物,结果原奶样品中的菌群主要以变形菌门(Proteobacteria)为主,其中牛奶的优势菌属为假单胞菌属(Pseudomonas),驼奶为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella),马奶为明串珠菌属(Leuconostoc),羊奶则为乳球菌属(Lactococcus);而酸奶样品主要以厚壁菌门(Firmicutes)为主,酸牛奶、酸驼奶和酸马奶的优势菌属均为乳杆菌属(Lactobacillus)[6]。通过Illumina 测序发现天然发酵香肠及冷鲜滩羊肉中厚壁菌门和变形菌门为优势菌门,链球菌属(Streptococcus)、克吕沃尔氏菌属(Kluyvera)、弧菌属(Vibrio)、乳球菌属(Lactococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc)为发酵香肠的优势菌属,假单胞菌属及不动杆菌属(Acinetobacter)为羊肉腐败变质的主要优势菌属[7-8]。

    目前,发酵乳、肉制品中微生物的多样性研究越来越受到人们的关注,早期研究仅依赖培养的方法对微生物进行分离鉴定,而高通量测序技术不仅可以检测到普通的可培养物种,还能检测到那些难培养、低丰度以及难以分离的微生物[3]。本研究通过研究传统发酵乳、肉制品中微生物群落的组成和结构,深入了解不同传统发酵食品中微生物多样,挖掘我国特色发酵食品的微生物资源。

    1 材料与方法 ......

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