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编号:39688
基于Illumina MiSeq高通量技术比较甘肃藏区传统牦牛发酵乳制品细菌菌群多样性
http://www.100md.com 2021年5月15日 2021年第4期
菌门,1材料与方法,1材料与试剂,2仪器与设备,3试验方法,4数据分析,2结果与分析,1测序数据的特点,2稀释曲线,3样品细菌门水平组成,4样品细菌属水平组成,5样品细菌属
     朱 潇,梁 琪*,王湘竹,刘 瑛

    (1 甘肃农业大学食品科学与工程学院 甘肃省功能乳品工程实验室 兰州730070 2 甘肃临夏州燎原乳业有限公司 甘肃临夏731100)

    甘肃藏区分布于甘肃省西南部,平均海拔3 000 m,地形复杂多样,拥有独特的高原气候,强紫外线辐射(单日最高UVI 可达12.5),平均气温低(年平均气温低于5 ℃)且昼夜温差较大(近10年最高昼夜温差达到22 ℃),含氧量少(空气中的年平均氧含量仅为平原地区的50%),蕴含着丰富的微生物资源。牦牛是一种在青藏高原地区分布的珍稀物种,藏民们一般使用牦牛奶制作各种乳制品,这些乳制品是藏族家庭的主要生活来源[1]。酸牦牛乳是一种黏稠、芳香、营养丰富的发酵乳制品,藏民家庭采用的传统发酵工艺主要分为2 种:第1 种为自然发酵,不添加任何发酵剂[2],这类酸乳可以很好地保存当地常年自然形成的优势菌种;第2 种是在少数藏区家庭,将藏灵菇粒作为发酵剂进行发酵。藏灵菇也被称为开菲尔,是一种颗粒状天然发酵剂[3-4],含有稳定的微生物群落。此外,藏民将大量牦牛奶脱脂后经自然发酵并晾晒制成曲拉,主要提供日常消费,并且可以长期保存。制作曲拉时需要长时间将牦牛乳暴露于自然环境中,因此其含有高原环境中的多种微生物[5]。

    国际上对于细菌群落组成的研究方法,主要有传统培养方法和基于分子生物学技术的非培养方法[6]。高通量技术属于非培养方法,能够在不偏向优势菌群的情况下检测总体菌群,可以更加真实、客观且全面地了解微生态系统中的细菌群落结构信息,目前已成功应用于食品微生物学研究[7-8]。近年来,随着高通量技术的发展,对于乳制品中微生物种类和丰度的研究成为国内外研究的热点。Ercolini 等[9]采用聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳分析蓝纹奶酪中细菌组成时发现,即使同一块奶酪,不同部位细菌种类也存在明显差异。Quigley 等[10]利用454 基因组测序平台对60 个爱尔兰软、半硬和硬奶酪的细菌菌群多样性进行分析,发现不同质地的奶酪中细菌群落组成存在显著差异。Alderet-Tapia 等[11]通过454 焦磷酸测序技术对原奶、发酵乳清、发酵乳和一种墨西哥手工自制成熟奶酪的细菌多样性进行分析,也发现制作奶酪过程中,不同类型乳制品的细菌群落存在差异性。目前,利用Illumina MiSeq 高通量测序平台分析甘肃藏区各类传统乳制品细菌菌群多样性的研究鲜见报道。

    本研究对甘肃藏区酸牦牛乳、曲拉乳、藏灵菇酸奶的细菌菌群多样性进行表征。通过高通量测序技术和生物信息学比较分析,揭示细菌群落组成的差异性和相似性 ......

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