基于生物信息数据库探讨山药的营养功能及作用机制
靶点,化合物,1材料与方法,1山药中所含化合物的信息获取,2山药中所含化合物的潜在靶点基因的获取,3关联网络的构建和分析,4蛋白质相互作用网络的构建和分析,5靶点基因的通路分析,2结果与分析,1山药中所含化合物数
安 莉,秦冬梅,马婧玮,郑尊涛,廖先骏,吴绪金*(1 河南省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所 郑州450002 2 农业农村部农药检定所 北京100125)
山药(Dioscorea oppositathunb)为薯蓣科(Dioscoreaceae)植物薯蓣的地下块茎,是我国重要的药食同源植物资源,广泛种植于河南、河北、山东、山西和陕西等地区[1]。山药中不仅含有丰富的氨基酸、有机酸和糖类等营养成分,还含有山药素、甾醇、尿囊素和类黄酮等多种功能成分,这使得它同时兼有食用价值和药用价值[2]。山药具有“补虚赢、除寒邪热、补中益气力、长肌肉、久服耳目聪明、轻身不饥、延年”等功效[3]。当前对山药的研究主要集中在对其所含有的某一个或某一类成分的分离提取[4-7]、含量测定[8-10]、体外细胞试验[11-12]以及动物实验[13-15]等方面。然而,山药作为食品整体,对人体机体产生的系统性影响研究尚不够明确,山药的关键功效和营养价值也没有精准定位,这些都严重阻碍着山药营养功能的深入开发和利用。明确山药营养功能定位,探讨其对人体的作用机制具有重要的意义。
目前,在药食同源食品的营养功能上缺乏有效的研究手段来进行系统性预测。近年来,基于系统生物学和计算机技术发展起来的系统生物信息学[16-17],将研究对象作为一个完整的系统,通过各种生物信息学数据库提取相关的信息,从分子层面预测并定位出相应研究对象的作用机制,不仅能够节约盲目试验的成本,还可以预测药食同源食品的营养功能和作用机制,这为药食同源食品的功能定位研究提供了新的方法和思路。本研究基于生物信息数据库,通过生物信息学进行数据分析和挖掘,探讨山药营养药理功能及作用机制,以期为山药作为药食同源食品的功能开发提供理论依据。
1 材料与方法
1.1 山药中所含化合物的信息获取
山药作为药食同源食品,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP,https://tcmspw.com/tcmsp.php),以“山药”为关键词进行检索,获得山药中所含的化合物部分信息,再结合Pub-Chem 数据库[18](https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)获取山药中所含化合物的相关信息。
1.2 山药中所含化合物的潜在靶点基因的获取
以所收集到的山药中所含化合物为研究对象,在TCMSP 数据库分别检索每一个化合物对应的潜在作用靶点。为了便于后续的分析 ......
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