这其间，祝总骧刚在经络研究事业上取得一些成绩，他怎么会面对强行中止课题的残酷现实呢？他费尽口舌要向所领导讨个说法，所领导一时被搞得没辙儿，只好作出了让步，答应经络课题可以收尾一年。“一年怎么行呢？一年就能能把博大精深的经络研究搞清楚吗？”祝总骧为这位领导对祖国传统中医的无知和草率而痛心疾首。从此，他走上了漫长的上访之路。

    祝总骧是九三学社社员，他遂向九三学社、统战部和中国科学院反映经络研究科研课题组被解散的情况。然而事与愿违的是，一时并未得到有效解决。据传，时任中科院院长的卢家锡召集生物物理研究所领导班子研究祝徐等人的去留问题时，一位所长当着卢家锡的面表态说：“卢院长，我所响应领导的号召，对生物物理所实行所长负责制，如今您又不支持我们的工作，如果您让祝总骧继续从事经络研究，我们5人就集体辞职，您还是另选他人吧!”卢家锡见生物物理所这般态度，一时找不出更妥善的办法，只好默许了生物物理所的决定。

    生物物理所便宣布了让祝总骧退休的决定。祝总骧得知让他办理退休手续时，肺都要快气炸了，他脖子一硬，振振有词道：“我不办退休手续，我的课题还没有搞完!”所里见祝总骧“一根筋”思维，感觉是个难缠的主儿。办退休证需要照片，祝总骧执拗地就是不交，情急之下，只好从他的档案里找出一张一寸照片，贴在了退休证上。也就这么一贴，祝总骧的名字从此被列入“人生另册”，成为中科院生物物理所一名退休科技工作者了 ......