应用Robust rank aggregation法筛选肝癌的差异表达关键基因(1)
应用Robust rank aggregation法筛选肝癌的差异表达关键基因,差异表达基因,稳健排序整合,基因表达谱芯片
【摘要】目的:采用生物信息学方法筛选出肝癌的关键差异表达基因。方法:对GEO公共数据库中获取的四组肝癌和癌旁组织基因表达芯片数据进行生物信息学分析,首先用R数据包中的limma程序分别对各数据集的差异表达基因进行初筛,再进一步应用Robust rank aggregation( RRA)法筛选出四组数据集共同差异表达的关键基因。结果:通过筛选共获得269个差异表达基因,其中上调基因76个,下调基因193个,筛选出的差异表达基因与现有文献报道一致。结论:RRA法是一种对多组基因表达数据进行差异表达基因筛选的可靠方法。本研究筛选出的差异表达基因,有望对肝癌发生的机制研究、肿瘤标志物的筛选以及治疗靶点的选择提供参考。【关键词】肝癌;差异表达基因;稳健排序整合;基因表达谱芯片
原 发 性肝癌(primary livercancer,PLC)是全世界第六位最常见的恶性肿瘤,也是导致人类死亡的第二大肿瘤。其中大约75%的肝癌发生在亚洲,仅中国就占全世界50%以上的肿瘤病例[1]。PLC患者预后差,美国平均五年生存率仅为14%[2],而在欠发达国家患者的预后则更差 ......
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