基于网络药理学的健脾解毒方抗结直肠癌的作用机制研究
货号,靶点,1材料和方法,1筛选健脾解毒方有效化学成分及作用靶点,2收集肿瘤相关靶点并匹配药物-疾病靶点,3构建蛋白互作(PPI)网络并筛选关键靶点,4基因功能注释和通路富集分析,5有效成分与关键靶点基因分子
仇雅岚,高静东,刘敏,张蕾,宋卿(南京中医药大学附属苏州医院,江苏 苏州 215000)
网络药理学是一种从系统水平分析药物多靶点治疗疾病机制的新兴研究方法,它能够对药物靶点进行有效定位,并建立“药物-靶点-疾病”生物网络,以高通量方式揭示小分子的调控原理[1-2]。由于肿瘤是具有复杂生物网络的系统疾病,运用网络药理学分析中药复方的抗肿瘤作用机制,有效地弥合了现代医学与传统中医药之间的鸿沟,使药物研究模式从“单一目标,一种药物”转变为“网络目标,多组分治疗”模式[3-4]。健脾解毒方是苏州市中医医院肿瘤科针对消化系统肿瘤的常用方剂,该方以健脾法为主,结合清热解毒等治法,组成包括黄芪、炒白术、山慈菇、白花蛇舌草,临床效果显著,但其抗肿瘤机制尚未明确。本研究借助网络药理学和分子对接的方法,筛选健脾解毒方有效成分,以期分析其抗肿瘤作用靶点以及相关信号通路,为进一步实验探究其作用机制奠定基础。
1 材料和方法
1.1 筛选健脾解毒方有效化学成分及作用靶点
利用中药成分数据库TCMSP(http://www.tcmspw.com/tcmsp.php)[5],TCMID(http://www.megabionet.org/tcmid/)[6],ETCM(http://www.tcmip.cn/ETCM/index.php/Home/Index/)[7]数据库,检索健脾解毒方组成药物(黄芪、白术、白花蛇舌草、山慈菇)的化学成分信息及药理学信息。口服生物利用度(Oral bioavailability, OB)是指药物经口服给药被吸收进入人体循环的速度与程度,类药性(Drug-likeness, DL)是指化合物与已知药物的相似性。OB、DL是筛选中药复方有效成分的关键参数,OB、DL值越高,则该化合物越具有成为药物的可能。
将以上3个中药成分数据库中获得的健脾解毒方组成药物的化学成分信息汇总后与DrugBank(https://go.drugbank.com/)[8]数据库里所有已知药物进行相似程度比较,筛选满足OB≥30%,且DL≥0.18的化学成分作为健脾解毒方的有效成分,并利用TCMSP数据库筛选健脾解毒方有效成分作用靶点。
1.2 收集肿瘤相关靶点并匹配药物-疾病靶点
利用GeneCards(http://www.genecards.org/)[9]数据库,以“Cancer”“Tumor”为关键词,检索与肿瘤相关的疾病靶点,以相关性分数为参考,删除重复靶点后取并集,得到肿瘤相关靶点 ......
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