王庆高，何亚州，李丽娟，黄彩依，黄景伟，梁 珊

    microRNA(miRNA)是一种小型的非编码区RNA，具有极强的生物活性，目前认为其能特异性地与mRNA结合从而影响转录后基因表达水平[1]。从miRNA被发现至今，人类对其的探索已有十余年，足够多的证据表明miRNA广泛地参与到细胞增殖、凋亡、器官的形成与发育等生理过程及肿瘤生长、靶器官损害等病理过程[2-3]，miRNA的发现给人类对疾病的诊断及治疗提供了新的方法。但尽管经过多年的研究，仍有大量miRNA的功能尚未被挖掘，相关的作用机制也未得到彻底的阐明，故miRNA仍是一个值得深入探究的巨大宝库。本研究基于GEO(Gene Expression Omnibus)数据库，通过筛选在CHF中差异表达的miRNA，利用生物信息学方法预测其靶基因并结合Gene Ontology(GO)及KEGG通路分析，探讨差异表达的miRNA在CHF中生物信息学价值，为日后研究miRNA调控CHF的机制提供前期基础。

    1 资料与方法

    1.1 资料 GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)是目前面向社会公开的、最大的高通量分子丰度数据库，其储存了大量的基因表达数据。通过该数据库用户可以检索、上传或是下载高通量基因表达的实验研究数据，并通过数据分析找到某个领域内差异表达的基因。

    R语言是一种免费、开源的工作语言，通过加载种类繁多的软件包赋予了R强大的数据统计及数据分析功能。Bioconductor的Limma为目前主流的基因分析软件包，利用该软件包可对基因数据进行标准化、背景矫正、差异基因筛选等处理，为后续分析奠定了坚实的基础。

    Targetscan(www.targetscan.org/)、miRPathDB(https://mpd.bioinf.uni-sb.de/overview.html)数据库，提供来自人类、大鼠、小鼠miRNA 的预测信息和经过验证的位于其靶基因上的结合位点，在数据库中直接检索miRNA名称后在结果页面即可得到预测结果。

    Cytoscape是一个可以将基因高通量表达数据及其分子相互作用整合成一个可视化网络结构的开源多功能图形可视化软件，通过现有的基因表达信息可直观地观察生物分子间的关联性 ......