基于网络药理学分析苦参治疗心律失常的潜在分子机制
苦参碱,靶点,1资料与方法,2结果,3讨论
韩晓雯,徐惠梅心律失常(cardiac arrhythmia)是心脏活动的起源和(或)传导障碍导致心脏搏动的频率和(或)节律异常,是临床常见病、多发病。常见于中老年病人,然而,由于现代人生活工作压力大,心律失常发病越来越年轻化,且发病率也在不断升高,医疗消耗巨大。苦参是中医药治疗心律失常的常用药,在临床上常用于治疗气阴两虚以及气滞血瘀型心律失常。本研究旨在以网络药理学为背景,探究苦参治疗心律失常的靶点成分及作用机制,以期为苦参治疗心律失常的机制研究及临床应用提供理论依据。
1 资料与方法
1.1 苦参主要活性成分及靶点预测 通过查询相关文献及检索中药系统药理学数据库(TCMSP),设置生物口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为筛选依据,获得苦参的主要活性成分,并于TCMSP提取所有活性成分相关的潜在作用靶点,而后于UniProt数据库将相关靶点统一成基因名。
1.2 苦参与心律失常共同靶点筛选 以“cardiac arrhythmia”为关键词,在基因名片数据库(GeneCards)及DurgBank数据库整理心律失常相关的作用靶点基因,利用Draw Venn Diagram对苦参靶点和心律失常靶点基因进行交集映射,获得苦参和心律失常的交集基因。
1.3 药物成分靶点及疾病网络构建与分析 在Excel数据表中整理苦参活性成分靶点的type、network数据表,导入Cytoscape,建立药物活性成分-靶点网络数据图,进行可视化处理。
1.4 药物-疾病蛋白互作网络构建 将苦参与心律失常的共同靶点导入STRING数据库,物种限定为homospain,获得苦参治疗心律失常的核心靶蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)图,并导出string-interaction.tsv文件,以与各个基因相关连节点数目为标准筛选出关键靶点。
1.5 基因本体(GO)富集分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析 于基因功能分析网站Metascape(http://metascape.org)导入交集靶点基因 ......
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