基于网络药理学和分子对接技术探讨祛湿化痰方治疗冠心病的作用机制
靶点,化合物,受体,1资料与方法,2结果,3讨论
侯时昭,许文静,蓝涛华,吕渭辉冠心病(coronary heart disease,CHD)是全球最为常见的慢性病之一,《中国心血管病报告2018》[1]指出,目前我国有1 100万例冠心病病人,心血管病死亡率居首位,早在2014年我国内地冠心病病人应用经皮冠状动脉介入术(percutaneous coronary intervention,PCI)治疗已超过50万例,但有研究发现,仍有50%以上经PCI术治疗的病人出现心绞痛症状缠绵不愈的情况[2],而针对这种情况现代医学尚未有明确的办法予以改善。
祛湿化痰方是根据陈可冀院士多年医治冠心病的临床经验总结而成,对心绞痛具有较好的临床疗效,全方以不换金正气散及二陈汤为基础,以“湿损血络”为病机核心,主治胸痹心痛之湿证。本研究拟使用Hopkins提出的集合数据库检索、数据挖掘、靶点预测及模拟实验室等多种研究手段,并结合中药成分与靶点的分子对接构象,多角度分析中药成分-靶点间的相互联系和作用,期望凭借网络药理学分析方法研究祛湿化痰方治疗冠心病的分子机制及生物通路机制。
1 资料与方法
1.1 祛湿化痰方的主要化学成分及作用靶点 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索祛湿化痰方中的每味药物及其相应的有效成分及作用靶点,以口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%、类药性(drug-likeness, DL)≥0.18作为基础阈值来筛选,筛查出祛湿化痰方的主要作用靶点和化学成分。
1.2 祛湿化痰方的药物作用靶点与冠心病的相关基因靶点的交集分析 应用GeneCards(https://www.genecards.org/)和OMIM(http://omim.org)数据库检索冠心病的相关基因。检索时将关键词设定为“冠心病(coronary heart disease)”,再将两个数据库中找到的基因进行合并,剔除重复内容,最终得出冠心病相关的基因靶点。结合祛湿化痰方中的药物作用靶点,运用Venny软件绘制祛湿化痰方治疗冠心病的交集靶点韦恩图。
1.3 构建蛋白质互作网络(protein-protein interaction, PPI) 利用Cytoscape 3.7.2软件进行网络拓扑学分析,并同步构建“祛湿化痰方-化合物-靶点-冠心病”的网络图。具体操作步骤:首先,在STRING(https://string-db.org/)数据库中导入祛湿化痰方治疗冠心病的交集靶点,以置信度大于0.9作为筛选条件,勾选“Multiple proteins”,将物种设定为“Homo sapiens”,构建出PPI网络图 ......
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