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编号:619346
鸦胆子转录组测序及基因功能注释
http://www.100md.com 2022年9月13日 中南药学 2022年第6期
核苷酸,数据库,1材料,1药材,2仪器与试药,2方法,1RNA提取与转录组文库构建,2转录组测序分析及功能注释,3生物信息学分析,4基因表达量计算,3结果与分析,1转录组测序与组装,2鸦胆子Unigenes的功能注释,3CDS预
     石好宇,王慧芸,赵艺,朱甫臻,尹艳燕,缪剑华,王灵芝*(.北京中医药大学生命科学学院,北京 0009;.广西药用植物园,广西药用植物资源保护与遗传改良重点实验室,南宁 53003)

    中药鸦胆子是苦木科植物鸦胆子[

    Brucea javanica

    (L.)Merr.]的干燥成熟果实,又名鸦蛋子、老鸦胆、苦榛子、苦参子,主产于我国广东、广西、云南、福建、海南和台湾等地,始记于清代《本草纲目拾遗》。鸦胆子味苦、性寒,有小毒,归大肠、肝经,有清热解毒、截疟止痢等功效。鸦胆子含有多种化学成分,主要包括苦木素类、类固醇、三萜类、生物碱、木质素、黄酮类、甾体类和脂肪酸等。苦木素类化合物是鸦胆子主要的药理活性物质,是一类由苦楝烷型三萜降解得到的高度氧合三萜及其苷类化合物,多为四环三萜及五环三萜内酯,是鸦胆子的代表性药理活性成分,其中鸦胆子苦醇(brusatol)和鸦胆丁(bruceantin)是该药材中代表性抗肿瘤成分;苦木素还具有抗炎和抗医学原虫等药理活性。鸦胆子油是鸦胆子中的脂肪油,抗肿瘤疗效确切且毒副作用小,被广泛应用于各种肿瘤的辅助治疗。鸦胆子中蛋白质含量为17.47%,鸦胆子多肽具有抗菌活性,本课题组前期研究发现鸦胆子球蛋白酶解物具有显著的抑制肿瘤细胞增殖的活性。

    目前关于鸦胆子的研究主要集中于新化学成分的发现及作用,对于其次生代谢物合成途径的研究较少,缺乏鸦胆子基因和蛋白质序列信息,极大地限制了对鸦胆子生长发育研究以及功能分析和利用。转录组测序(RNA-seq)是利用高通量测序技术将细胞或组织中mRNA、small RNA或no-codingRNA 进行测序分析的技术,可用于发现新基因、提供基因表达和调控信息。该技术已广泛用于药用植物,如半夏、黄芪以及薏苡仁等研究中。因此本文对鸦胆子进行转录组测序,并分析苦木素类化合物萜类骨架生物合成以及其衍生化修饰途径,为今后药用成分开发和药用植物的遗传改良提供理论支撑。

    1 材料

    1.1 药材

    鸦胆子采集于广西南宁市武鸣区(108.27719°N,23.15643°E),采集不同发育时期的根、茎、叶、花序及果实等组织部位,液氮速冻后,保存于-80℃备用。

    1.2 仪器与试药

    Aglient RNA 6000 Nano Reagents 试剂盒、Agilent 2100 生物分析仪(美国Aglient 公司);BGISEQ-500 测序仪(深圳华大智造科技有限公司);NanoDrop 超微量分光光度计(美国Nanodrop 公司) ......

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