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编号:13593405
皮肤鳞状细胞癌的基因表达及信号传导通路的生物信息学分析(1)
http://www.100md.com 2018年4月1日 《青岛大学学报(医学版)》 20182
皮肤鳞状细胞癌的基因表达及信号传导通路的生物信息学分析,肿瘤,信号转导,微阵列分析,生物标志物
     [摘要]目的通过对皮肤鳞状细胞癌(cSCC)基因表达的数据分析找到异常表达的基因群,明确这些差异基因的功能、参与的信号传导通路,并找出具有标志性功能的枢纽基因,进一步探讨cSCC的分子机制。

    方法从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载GSE66359的基因表达数据,对差异基因进行基因本体论(GO)分析和基于京都基因和基因组数据库的通路分析(KEGG通路分析),并应用Cytoscape软件构建差异基因产物的蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选枢纽基因。

    结果该cSCC基因芯片数据中共有894个差异基因,其中438个上调基因,456个下调基因。GO分析显示上调基因主要富集的生物进程为:有丝分裂细胞周期过程,染色体分离;下调基因:角质形成细胞分化。KEGG分析显示,上调基因主要富集的信号通路:DNA复制、细胞周期;下调基因:MAPK信号通路、Notch信号通路。通过构建PPI网络得到了前10位枢纽基因SHC1、AURKB、SMC4、PLK1、PCNA、PTTG1、BRCA1、MCM2、EphB2、HDAC ......
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