1937年12月12日的南京，这一天守城的中国军队全线崩溃和撤退。第二天，像野兽一样的日军占领了南京。至此被称为古都金陵的南京成了人间地狱，日军开始了对中国人民大屠杀、大奸淫，大劫掠，惨绝人寰的一幕幕深刻地烙印在中国人乃至爱好和平的世界人民的心里。一段残酷的战争史，却是一段不可忘却的历史。

    《金陵十三钗》这部小说，作者借姨妈书娟的眼睛感受了这场屠杀，这场浩劫血腥残暴黑暗的事实，讲述了一群“特殊女人”的故事。

    在极端的绝境下，秦淮河的一群妓女们逃难翻墙闯入威尔逊福音教堂，和唱诗班的女学生们“共处一室”，这时的美国处在中立国位置，所以美国的教堂自然成了避难所。这一群打扮艳俗的女人，她们是来自秦淮河畔青楼堂子间的女人，也就是在清纯的“我姨妈”书娟眼里的“特殊女人，这群人中还有一位令书娟深切鄙夷的后来成为“金陵十三钗”中主角的赵玉墨。

    但中立的美国教堂终究不是避难的天堂最终被日军侵入，他们以庆祝胜利的名义，要唱诗班女生到军营为他们献唱。面对这个邪恶的陷阱，在无法逃避的时刻，被收留的这群以赵玉墨为首的“特殊女人”，也就是书名所说的“金陵十三钗”她们挺身而出，为了救起初鄙视她们，在避难的教堂里和她们不时闹起小矛盾、小摩擦的女学生们 ......