新疆细粒棘球绦虫EgAgB8/3蛋白的生物信息学分析及意义(2)
1 材料与方法1.1 EgAgB8/3蛋白基本結构及理化性质分析
将笔者保存的重组新疆羊源性EgAgB8/3质粒测序后,与GeneBank中AF362442序列进行同源性分析比对;用在线软件http://www.expasy.org分析该蛋白基本结构及理化性质。
1.2 EgAgB8/3蛋白二级结构预测
用DNASTAR公司Protean软件包中Chou-Fasman和Garnier-Robson法分析预测α螺旋、β折叠、β转角和无规卷曲等二级结构元件所在区域。
1.3 EgAgB8/3蛋白潜在B细胞表位预测
使用DNAMAN抗原指数法,Protean软件包中Kyte-Doolittle方案、Karplus-Schulz和Emini方案、Jameson-Wolf方案和IEDB(Immune EpitopeData.base,http://www.immuneepitope.org/tools/bcell/iedb_input)在线分析软件的不同方案对影响或决定EgAgB8/3抗原潜在B细胞表位预测的多个参数综合对比分析 ......
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