1.2 Autodock分子对接

    在AutoDockTools 4.2中以受体导入PEI的分子结构，进行加氢和加电荷后以PDBQT格式存储。随后以配体导入MTX的分子结构，添加电荷后以PDBQT格式存储。在准备好配体与受体分子构象后，使用AutoGrid进行能量格点计算，Gird Box大小设置为126×126×126个网格点，每个小网格点的距离为0.0375 nm。采用拉马克遗传算法(lamarckian，GA)进行构象搜索，初始种群数设置为100，能量评定最大次数为2 500 000，其他参数采用默认值进行分子对接计算。

    1.3 分子间混合能的计算

    将优化后的水分子、PEI和MTX分子导入到Materials Studio 2016的工作界面，采用Blends模块中的Mixing任务，在Compass 2.0力场下进行混合能的模拟计算，模拟质量选择Fine，其他参数默认。

    1.4 DPD介观模拟

    1.4.1 PEI、MTX与水的粗粒化处理 将PEI、MTX与水分子分别设置为3个DPD粒子 ......