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编号:13484113
应用生物信息学方法筛选食管鳞癌的关键基因(1)
http://www.100md.com 2020年4月25日 《中国医药导报》 202012
     [摘要] 目的 筛选食管鳞癌的关键基因,为肿瘤的发病机制研究提供新的思路。 方法 检索GEO数据库中食管鳞癌基因表达芯片,分析差异表达基因并获得共同差异基因;利用在线数据库DAVID进行GO和KEGG通路富集分析;通过String数据库和Cytoscape软件分析获取链接度最高的10个关键基因,并在TCGA数据库中验证。结果 共筛选出204个差异表达基因。GO分析显示其生物学过程富集在细胞分裂、细胞器断裂和细胞周期等163个条目中;细胞学组分富集在细胞外、细胞质和细胞器腔内等48个条目中;分子功能富集在调控肽酶活性、与细胞外基质结合等46个条目中。KEGG通路富集在局部黏附、p53信号通路、错配修复等12个条目中。筛选出10个链接度最高的Hub基因,且通过TCGA数据库验证其全部在食管鳞癌组织中高表达(P < 0.01) ......
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