基于功能一致性预测冠心病致病基因
蛋白质互作网络,共定位特性,功能富集分析
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孙立中 张良才 陈丽娜 赵研 尚玉奎 王倩 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院;
【摘要】目的:为了解疾病致病机理和改进临床治疗,基于功能一致性挖掘潜在的疾病致病基因。方法:本文基于功能一致性基因的共定位特性,结合蛋白质互作网络拓扑结构,获取疾病候选基因集,并通过GO及KEGG功能富集分析方法进一步筛选,预测出新的致病基因。结果:挖掘得到的59个冠心病致病基因通过文献证实绝大部分基因与疾病的发生发展存在着联系。结论:本方法具有可行性,研究者能够在此基础上很好地进行疾病致病机理的研究。
【关键词】 蛋白质互作网络 共定位特性 功能富集分析 功能一致性
【基金】国家自然科学基金资助项目(30571034) 黑龙江省自然科学基金项目(D2007-48) 哈尔滨医科大学研究生创新基金(HCXS2008010) 哈尔滨医科大学医学基础学科创新群体基金项目
【分类号】R541.4
前言复杂疾病被认为是由多个风险基因导致的[1]。挖掘疾病致病基因有多种方法,现有的方法倾向于分别利用基因表达谱、基因组层面关联分析、蛋白互作网络的拓扑性质等来预测致病基因。Schwihouski[2]和Titz[3]等提出蛋白质同它们的直接相互作用邻居之间具有相似的功能。Oti[4]
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摘要 目的：为了解疾病致病机理和改进临床治疗，基于功能一致性挖掘潜在的痰病致病基因。方法：本文基于功能一致性基因的共定位特性，结合蛋白质互作网络拓扑结构，获取疾病候选基因集，并通过GO及KEGG功能富集分析方法进一步筛选，预测出新的致病基因。结果：挖掘得到的59个冠心病致病基因通过文献证实绝大部分基因与疾病的发生发展存在着联系。结论：本方法具有可行性，研究者能够在此基础上很好地进行疾病致病机理的研究。
关键词：蛋白质互作网络；共定位特性；功能富集分析；功能一致性
中图分类号：R318.04，R541.4 文献标识码：B 文章编号：1673-6273(2009)04-733-04
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