蛋白质氨基酸网络研究进展
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常珊 焦雄 王美华 田绪红 华南农业大学信息学院;太原理工大学应用力学与生物医学工程研究所;
【摘要】氨基酸网络是运用复杂网络工具对蛋白质结构-功能关系研究的新方法。本文回顾了氨基酸网络中常用网络参量的计算方法,如:度分布,聚集系数,平均最短路径等。结合本研究小组的工作,介绍了常用的网络构建和分析方法,并总结了氨基酸网络在蛋白质折叠以及蛋白质分子对接问题中的应用。最后,分析了氨基酸网络研究目前存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望。
【关键词】 蛋白质 复杂网络 氨基酸网络
【基金】国家自然科学基金(31070828) 广东省科技计划项目(2010B080701070) 华南农业大学校长基金(5600-k09325)
【分类号】Q51
前言随着人类基因组测序计划的完成,生命科学的重心开始转移到对基因的表达产物蛋白质的研究上来,蛋白质组学成为后基因组时代的研究前沿和热点领域。在后基因组时代,生命科学的中心任务是阐明基因组所表达的真正执行生命活动的全部蛋白质的表达规律和生物功能。蛋白质结构与
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前言
随着人类基因组测序计划的完成，生命科学的重心开始转移到对基因的表达产物蛋白质的研究上来，蛋白质组学成为后基因组时代的研究前沿和热点领域。在后基因组时代，生命科学的中心任务是阐明基因组所表达的真正执行生命活动的全部蛋白质的表达规律和生物功能。蛋白质结构与功能之间的关系是后基因组时代研究的核心内容。一方面，由于基因组测序、蛋白质组学的快速发展，生物学积累了大量的数据，如何挖掘山大量实验数据所蕴含的生物基本规律成为生命科学研究的焦点；另一方面，研究生物学系统的方法从局部的定性描述向整体和系统的定量描述转变。这些进展使生物学家逐步地意识到生命科学研究需要数学、物理学、化学、信息科学等定量学科的参与。
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