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编号:1229493
淋病奈瑟菌opa基因分型方法的流行病学应用
http://www.100md.com 2011年6月8日 中国医药生物技术 2011年第1期
淋球菌,限制性,1材料与方法,2方法,2结果,1菌株收集情况与PCR扩增结果,2TaqI酶切及其聚类分析,3HpaII酶切及其聚类分析,4TaqI与HpaII酶切结果分析,5Opa簇,3讨论
     陈强,王思思,尹跃平,卢红艳

    淋球菌 opa 基因分型方法由 O’Rourke 等[1]于 1995年首先创建,他还对该分型方法的分辨力、重复性及其稳定性给予了肯定评价。此后国外陆续有使用 opa 基因分型方法对淋病奈瑟菌进行基因分型的性网络研究报告,如 Fjelds?e-Nielsen等[2]在丹麦、Howie 等[3]在英国爱丁堡、Khaki 等[4]在印度新德里对该分型方法均作了研究报告,并对其在流行病学上的应用给出了一致的好评。但国外有关此方面的研究都在一个区域或城市展开,且样本量普遍不大,无论在数量还是范围上都难以充分体现该分型方法在流行病学应用上的优势,国内也尚未见大样本 opa 分型的报告。本研究拟在我国东部和南部的 4 个城市(南京、济南、福州、南宁)收集淋球菌株行 opa 基因分型,分别并综合分析四地 opa 基因分型结果,初步探讨我国东部及南部地区 4 个城市中 opa 基因型的大致分布状况,分析不同地区之间基因分型的关联性,为我国性网络的研究提供一种新的方法。

    1 材料与方法

    1.1 材料

    1.1.1 菌株 淋病患者来自 4 个城市,即南京(中国医学科学院皮肤病研究所,2006年4月–10月)、济南(山东省皮肤病防治所,2006年5月– 2007年2月)、福州(福建省皮肤病防治所,2006年3月– 9月)及南宁(广西壮族自治区皮肤病防治所,2006年3月– 2007年2月)。男性标本采自尿道分泌物,女性标本采自宫颈分泌物,标本采集方法根据现行的标准方法进行。采集后的淋球菌在 36℃条件下培养 24~36 h 后经转种并分纯。所有菌株经氧化酶及糖发酵试验确证为淋病奈瑟菌。经确证的菌株洗脱于脱脂牛奶管并置–70℃冰箱中保存。

    1.1.2 主要试剂与仪器设备 CT/NG 核酸提取试剂盒购自美国 Roche 公司;Taq DNA 聚合酶、TaqI限制性内切酶、HpaII限制性内切酶均购自美国 Promega 公司;GeneAmp PCR 9600 扩增仪购自美国 Perkin Elmer 公司;水平电泳仪及电泳槽购自北京六一仪器厂;垂直电泳仪及电泳槽、凝胶成像仪均购自美国 Bio-Rad 公司;GelCompar II 凝胶分析软件来自比利时 Applied Maths 公司。

    1.2 方法

    1.2.1 淋球菌基因组 DNA 模板制备 按 Roche CT/NG 核酸提取试剂盒说明书进行操作,具体操作过程如下:①将 1/3 环淋球菌混悬到 400 μl 双蒸水中;②在 1.5 ml Eppendorf 管中加入 100 μl裂解液;③取 100 μl 混悬的淋菌标本至 100 μl 裂解液中 ......

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