赵晶，孟令章，陶钧，肖瑶，邢文革

    分子流行病学是应用先进的技术检测生物学标志的分布情况，结合流行病学现场研究方法，从分子或基因水平阐明疾病的病因及其相关的致病过程，并研究疾病的防治和促进健康的策略和措施的科学。自1989年美国学者 Choo等[1]应用分子克隆技术首先发现丙型肝炎病毒(hepatitis C virus，HCV)以来，HCV的分子生物学、病毒分型、HCV感染的流行特征及与临床关系等方面的研究都取得了很大进展。以 HCV的基因分型作为生物标志(biomarkers)进行的分子流行病学研究对 HCV 感染、传播、诊断、治疗及预防等方面均有重要意义。本文就 HCV的分型和分子流行病学国内外研究进展等方面进行综述。

    1 HCV 分型的研究进展

    1.1 HCV的分型依据

    HCV 具有显著异源性和高度可变性。对已知全部基因组序列的HCV 株进行分析比较，其核苷酸和氨基酸序列存在较大差异，HCV 基因组各部位的变异程度不相一致，如5’-NCR 最保守，同源性在92%～100%，而 3’-NCR 区变异程度较高。在HCV的编码基因中，C 区最保守，非结构(NS)区次之，囊膜蛋白 E2/NS1 编码区可变性最高，称为高可变区。

    根据现有的HCV 分离株数据，HCV 基因多样性主要表现在4个水平：①HCV 基因组的核苷酸序列变异 31%～33% 时，定为基因型；②基因组的核苷酸变异 20%～25%定为基因亚型；③HCV 基因组的核苷酸变异超过 10% 定为分离株；④感染者体内可同时存在不同的多种序列组成，但却有很高同源性(同源性 ≥ 95%)的HCV 变异株群体称为准种(quasispecies)[2]。

    1.2 HCV 基因分型系统概况

    目前至少有 4 种不同的HCV 基因型命名系统[3]，分别为Okomoto 系统、Cha 系统、Kanazawa 系统和Simmonds 系统。1993年Simmonds 依据不同病毒毒株编码非结构蛋白 5(NS5)区域核苷酸序列的同源性，按照发现的先后将 HCV 分为1～6个型和11个主要的亚型，亚型以 a、b、c等表示[4]。该分型方法得到了大多数学者的认同。该分型法能与先前的各种分型命名法相对应，不仅协调了以前的分型命名方法，而且可以在多种分型系统中命名新的型和亚型。不同分型系统之间的对应关系见表1。

    1.3 HCV 分型方法研究进展

    目前 HCV 分型有多种方法，如：血清学分型法、核酸序列分析法、型特异性引物扩增分型、型特异探针杂交分型法和限制性长度多态性分析法(RFLP)等 ......