王谦，杜亚梅，张国军，康熙雄

    焦磷酸测序法与Sanger测序法检测CYP2C19*17基因多态性方法学对比研究

    王谦，杜亚梅，张国军，康熙雄

    100050 北京，首都医科大学附属北京天坛医院检验科

    随着个体化诊断与个性化用药相关研究的进展，由 CYP2C19 引起的药物氧化代谢个体差异和种族差异越来越引起临床重视，大量内源性底物和临床应用的大约 2% 的药物均由 CYP2C19 催化代谢[1]，如对抗癫痫药物[2](丙戊酸和苯妥英钠等)、质子泵抑制剂[3](奥美拉唑、兰索拉唑等)、抗抑郁药[4](西酞普兰等)的代谢影响，其基因多态性是引起同一药物在不同个体和种族间表现出不同代谢能力的主要原因之一[5]。其中，CYP2C19*2、CYP2C19*3 和 CYP2C19*17 在人群中所占比例较高，前两者相对于酶的活性是下调作用，目前临床检测较为广泛。而 CYP2C19*17 对酶的活性是上调作用，等位基因突变占亚洲人群比例为 5%。

    焦磷酸测序技术是介于一代测序和二代测序之间的一种测序手段，它既摒弃了一代测序(如 Sanger 测序等)操作耗时、烦琐、通量受局限的缺点，又避免了二代测序成本高、检测 DNA 结果信息量过大、结果分析复杂等局限性[6]。基于焦磷酸测序技术而研究开发的 PyroMark Q24 MDx 系统具有操作简单、快速、灵敏度高、高通量等优点，在检测单核苷酸多态性(SNP)位点、甲基化突变等基因变异中具有明显的优势。

    本研究建立了操作简单、快速、灵敏度高、高通量的检测 CYP2C19*17 基因多态性的焦磷酸测序法，与经典的 Sanger 测序法作比对验证了其准确性和重复性。

    1 材料与方法

    1.1 材料

    1.1.1 研究样本 96 例随机 EDTA 抗凝血样本，来自无亲缘关系的北京天坛医院体检科体检人群。血样采集后 4 h 内完成 DNA 的提取。

    1.1.2 主要仪器设备 高速离心机购自美国 Sigma 公司；聚合酶链式反应仪购自美国 Thermal 公司；电泳仪购自 Tanon 公司；凝胶成像仪购自 Capital Biochip 公司；PyroMark Q24 MDx 焦磷酸测序仪购自德国 Qiagen 公司。

    1.1.3 主要试剂 DNA 标本提取试剂盒为美国 Omega 公司产品；PCR 反应体系试剂为TransGen Biotech 公司产品；琼脂糖为 Gene Tech 公司产品；焦磷酸测序试剂盒为德国 Qiagen 公司产品；Streptavidin Sepharose磁珠为瑞典 GE healthcare life sciences 公司产品 ......