宫伟，李涛

    论著

    利用生物信息学分析鉴定鼻咽癌转移的信号通路及核心基因

    宫伟，李涛

    利用基因芯片技术和生物信息学分析方法，筛选出鼻咽癌转移相关的核心基因和相关信号通路，为寻找鼻咽癌转移早期诊断和靶向治疗潜在标志物提供依据。

    GSE103611 的表达芯片从 Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载，该数据库中包含 48 个样本，包括 24 个原发鼻咽癌样本和 24 个放疗后转移的鼻咽癌样本。整理微阵列数据集获得差异表达基因(DEGs)与本课题组前期构建的相对于 CNE-2 侵袭转移能力更强的 CNE-2SI 细胞对比芯片差异基因进行比对获得共同差异基因。利用基因本体论(GO)和京都百科全书基因和基因组数据库(KEGG)对共同差异基因进行富集并利用 DAVIDE 在线进行分析。共同差异基因的蛋白质互作(PPI)网络由 STRING 数据库构建。Hub 基因分析通过 Cytoscape 软件中的 cytoHubba 插件制作。关键基因的生存分析通过 Kaplan Meier-plotter 数据库分析获得。

    GSE103611 数据集中共鉴定出差异基因共 3301 个，其中上调 506 个，2795 个基因被下调。本课题组的芯片中差异基因共 2691 个，其中上调 1349 个，1342 个基因被下调。两个芯片共同上调基因 47 个，下调基因 135 个，共计 182 个。GO 分析表明共同差异基因的生物学功能主要集中在基本的生物学过程和细胞黏附；主要的细胞成分包括细胞膜和细胞质；分子功能包括 ATP 结合等(1 材料与方法

    1.1 材料

    1.1.1 实验材料 鼻咽癌分化细胞株 CNE-2SI 由本实验室构建。DMEM 培养基、胎牛血清和 0.25% Trypsin-EDTA 购自美国 Gibco 公司；Transwell 小室和基质胶购自美国 Corning 公司。

    1.1.2 数据来源 鼻咽癌及鼻咽癌转移芯片表达谱下载自美国国立生物技术信息中心 NCBI-GEO DataSet 数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov)，编号为 GSE103611。其中包括 24 个原位鼻咽癌样本及 24 个放疗后转移的鼻咽癌样本。直接下载其矩阵文件，通过 R 软件处理数据将其去除重复的基因，保留每个基因最大表达量结果。选取|log2fc| > 1，< 0.05 的差异基因进行后续分析。CNE-2SI 与 CNE-2 之间对比基因表达芯片制作及差异基因分析由博奥生物有限公司完成 ......