李猷，柳东辉，张国勇

    ·论著·

    前列腺癌不良预后相关差异甲基化基因筛选

    李猷，柳东辉，张国勇

    110016 沈阳，辽宁省金秋医院泌尿外科

    识别与前列腺癌不良预后相关的差异甲基化基因，为寻找治疗靶点提供数据支持。

    利用 GEO 数据库的 4 个前列腺癌基因芯片数据集 GSE46602、GSE69223、GSE6919 和 GSE32269进行差异基因的筛选，并与 TCGA 数据相比对。通过 David 数据库对其进行功能富集分析。采用 String 数据库构建了基因编码蛋白之间 PPI 网络，随后利用 Cytoscape 软件进行分析并实现可视化。通过 TCGA 甲基化数据，考量基因的甲基化水平，并利用临床数据观察其差异表达对预后的影响。

    GEO 数据库筛选得到差异基因 600 个，与 TCGA 数据比对后，得到差异基因 301 个。激活了癌症、pI3K-Akt 和 cGMP-PKG 信号通路。构建 PPI 网络，分析出 10 个网络关键节点，进一步做差异甲基化分析，发现过表达基因2、2、1 和6 存在启动子区低甲基化情况，低表达基因1 启动子区高甲基化。其中基因2、1 和6 的过表达与前列腺癌的不良预后相关。

    选取不同平台的前列腺癌数据，通过生物信息学分析，筛选出与不良预后相关的差异甲基化基因，为前列腺癌治疗提供新的分子靶点。

    前列腺癌； 甲基化； 生物信息学分析

    前列腺癌(prostate adenocarcinoma，PRAD)是男性泌尿系统最常见的肿瘤，全球范围内男性癌症第二大死因，尤其以欧洲老年男性最为常见[1]。据估算，2018 年美国前列腺癌新发 164690 例，死亡 29430 例[2]。虽然在我国发病和死亡仍以呼吸和消化道肿瘤为主[3]，但随着生活方式的西化，全球范围内可以观察到，发展中国家前列腺癌的发病率和死亡率在逐渐增加[4]。近年来的表观遗传学研究表明，DNA 甲基化现象是各种恶性肿瘤发生发展的重要生物学机制[5]。甲基化的变异包括过表达基因的低甲基化和低表达基因的高甲基化，其存在于基因启动子和外显子区域的CpG岛内，异常甲基化能通过改变抑癌基因的表达水平来使之沉默，进而使基因调节失控，引发肿瘤[6]。本研究利用多平台数据筛选前列腺癌患者组织中差异表达的基因，并考察其启动子区甲基化水平，以期为临床靶点选择提供参考依据。

    1 材料与方法

    1.1 数据来源

    下载 TCGA(The Cancer Genome Atlas ......