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编号:1084176
基于网络药理学联合GEO数据分析探讨银杏叶治疗糖尿病肾病的作用机制
http://www.100md.com 2020年12月17日 中国医药生物技术 2020年第6期
靶点,1资料与方法,1银杏叶活性成分的筛选,2银杏叶和DKD作用靶点的筛选,3蛋白互作网络构建筛选关键靶点,4银杏叶治疗DKD的网络调控可视化,5GEO芯片差异基因验证,6功能富集分析与通路分
     庞欣欣,彭紫凝,邢玉凤,石秀杰,张雅歌,韩佳瑞

    ·论著·

    基于网络药理学联合GEO数据分析探讨银杏叶治疗糖尿病肾病的作用机制

    庞欣欣,彭紫凝,邢玉凤,石秀杰,张雅歌,韩佳瑞

    450002 郑州,河南省中医院/河南中医药大学第二附属医院肾病科(庞欣欣、韩佳瑞);450046 郑州,河南中医药大学第二临床医学院(彭紫凝、邢玉凤、石秀杰、张雅歌、韩佳瑞)

    通过网络药理学研究方法,联合 GEO 数据库分析验证,探讨中药银杏叶治疗糖尿病肾病的作用机制。

    通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选银杏叶的有效成分和靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank、GAD 等数据库查找与糖尿病肾病相关的靶点。利用 Cytoscape 软件分析银杏叶治疗糖尿病肾病的作用靶点与有效成分之间关系网络。分析 GEO 数据库芯片,验证关键靶点。通过 DAVID 数据库分析银杏叶治疗糖尿病肾病的有效靶点的生物学功能和作用机制。

    根据口服利用度和药物相似性原则筛选出银杏叶有效成分 27 个,筛选出的有效成分作用靶点 201 个。在 GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank、GAD 等数据库中筛选出有关糖尿病肾病靶点 10 859 个。通过 Cytoscape 软件筛选,得到银杏叶治疗糖尿病肾病的关系网络共 621 条。GEO 芯片分析验证,前 5 个关键靶基因 VEGFA 和 CASP3 具有差异显著性。采用 DAVID 数据库进行 GO 和 KEGG 分析,得到晚期糖基化终末产物及受体、流体剪切应力与动脉粥样硬化、炎症、细胞凋亡等关键信号通路。

    该研究初步揭示,银杏叶通过多靶点、多通路治疗糖尿病肾病,其有效作用靶点主要通过蛋白激酶、炎症因子、血管内皮生长因子等作用于多条信号通路,其中 AGEs-RAGE信号通路是其发挥治疗作用的重要通路。银杏叶可能直接或间接参与调节氧化应激、炎症、细胞凋亡等作用机制治疗糖尿病肾病,为今后分子生物学实验奠定了基础。

    银杏叶; 糖尿病肾病; 网络药理学; GEO 数据; 作用机制

    糖尿病肾病(diabetic kidney disease,DKD)是糖尿病患者的微血管慢性并发症之一,目前已成为导致终末期肾脏病的主要病因,其发病率正逐年增加[1-2]。DKD 发病机制复杂,可能涉及炎症、氧化应激、糖脂代谢异常、白细胞介素(interleukin,IL)和血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor ......

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