曲守方，黄传峰，孙楠，于婷，黄杰

    ·论著·

    测序仪性能评价用脱氧核糖核酸国家参考品的建立

    曲守方*，黄传峰*，孙楠，于婷，黄杰

    100050 北京，中国食品药品检定研究院非传染病诊断试剂室(曲守方、孙楠、于婷、黄杰)，理化检测室(黄传峰)

    建立测序仪性能评价用脱氧核糖核酸国家参考品。分别将扩增培养后的永生化的人细胞系、培养达到 108数量级的转染 HPV11 质粒的细菌、大肠杆菌和欧陆森氏菌高 GC 菌株收集后提取基因组 DNA，然后进行 DNA 浓度测定。接着将人基因组 DNA、HPV 病毒基因组 DNA、大肠杆菌基因组 DNA 和高 GC 菌株基因组 DNA 分别按照 20、5、50、50 ng/μl 终浓度要求，进行分装，制备国家参考品。在不同的基因测序仪进行上机测序，包括 BGISEQ-500、NextSeq CN500、NovaSeq 6000 和 BioelectronSeq 4000等。构建人全基因组变异标准集和一致性序列。采用不同测序平台进行协作标定，评价变异标准集和一致性序列的适用性。制备的国家参考品经不同平台测序后构建了人全基因组变异标准集和一致性序列。经过不同测序平台标定，结果符合人全基因组变异标准集和一致性序列的要求。测序仪性能评价用脱氧核糖核酸国家参考品可以用于高通量基因测序仪的性能评价，为产品注册检定及上市后监督管理提供依据。

    高通量基因测序仪； 测序通量； 标准集； 一致性序列； 单核苷酸多态性； 插入缺失

    高通量测序技术在临床上已经被广泛应用于遗传病、肿瘤和传染病的诊断、预后和治疗选择等[1-3]。随着测序成本降低，越来越多患者受益于这些基于高通量测序的检测技术。

    目前国内市场上存在着多种二代测序仪。Illumina 公司的测序平台采用边合成边测序(sequencing by synthesis，SBS)技术原理，是基于 DNA 簇(DNA cluster)、桥式 PCR 和可逆阻断等核心技术[4]。Thermo Fisher 公司拥有 Solid 测序平台、Ion PGM 和 Ion Proton 平台，采用的是半导体测序原理，在半导体芯片孔中的微球上固定 DNA 链，随后依次掺入碱基(A 腺嘌呤、C 胞嘧啶、G 鸟嘌呤、T 胸腺嘧啶)，每加入一个碱基就释放出氢离子，反应池中的酸碱度(pH)发生改变，离子感受器就会感受到化学信号，从而读出 DNA 序列[5]。华大基因公司收购了美国 Complete Genomics 公司并改进其技术，推出了 BGISEQ-500、BGISEQ-50、MGISEQ-200、MGISEQ-2000 和 MGISEQ-T7 测序仪 ......