当前位置: 首页 > 期刊 > 《中国医药生物技术》 > 2021年第4期
编号:300929
非小细胞肺癌中免疫相关基因的预后作用
http://www.100md.com 2021年9月13日 中国医药生物技术 2021年第4期
差异基因,样本,1材料与方法,1数据收集与整理,2免疫指标评分与分组验证,3筛选差异表达基因,4GO富集分析,5筛选预后标记的免疫相关基因,6生存分析,2结果,1免疫相关群体的构建和确证,2免疫相关基因与免疫细胞之间的差异
     崔笑,廖正凯

    ·论著·

    非小细胞肺癌中免疫相关基因的预后作用

    崔笑,廖正凯

    430071 湖北,武汉大学中南医院肿瘤放化疗科

    构建非小细胞肺癌免疫基因预后模型,验证其与预后的相关性。通过 ssGSEA 对 TCGA 数据库中非小细胞肺癌样本进行免疫细胞浸润相关性的分析,将肿瘤样本分为高免疫组和低免疫细胞浸润组,并经过 ESTIMATE 算法、免疫基因相关性分析及 CIBERSORT 算法进一步验证分组效果。使用 R 软件“limma”包筛选高、低免疫组及癌和癌旁各自的差异基因,取交集基因进行功能聚类分析。应用单因素 Cox 回归分析与预后相关的基因,通过 Lasso 回归和多因素 Cox 回归分析构建预后模型,并使用 Kaplan-Meier 验证模型与患者生存的预后相关性。单因素 Cox 分析和多因素 Cox 分析验证了免疫基因预后相关模型为独立预后因素,ROC 分析进一步验证其对生存预测的准确性。根据转录组测序结果将所有样本分为高免疫细胞浸润组和低免疫细胞浸润组,不同组别间 HLA 家族基因和 PD-L1 表达量有显著差异。对筛选出的免疫相关差异基因进行蛋白互作网络分析和细胞功能聚类分析,并构建免疫基因预后模型。Kaplan-Meier 验证了该模型与患者生存具有预后相关性。ROC 曲线验证该模型为预后相关因素。非小细胞肺癌中差异表达基因与免疫相关基因的交集可用于构建免疫预后模型,确认其具有免疫预后功能。

    非小细胞肺癌; TCGA 数据库;免疫相关基因;预后模型

    肺癌是世界上发病率和死亡率最高的恶性肿瘤,而且具有高度的侵袭性。2018 年全球肺癌的新发确诊病例约 210 万例,而死亡病例约 180 万例,是癌症相关死亡的主要类型[1]。肺癌的病理类型可大致分为非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)和小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC)。其中,NSCLC 约占原发性肺癌的 80% ~ 85%,且大多数患者在诊断时已发展至中晚期[2]。尽管 NSCLC 的治疗方法正在不断改善,但其预后仍然不容乐观,生存率仍然很低[3]。近年来,大量研究表明,肿瘤细胞的增殖、侵袭、转移、免疫逃逸、肿瘤血管生成等生物学行为均受肿瘤微环境调控。据报道,与 UICC/AJCC TNM 分类等对比,免疫应答相关的指标与预后的相关性更强,是更好的提示预后的指标,也提示了免疫生物学标志物在肺癌预后中的重要意义。基于此,本项研究深入探讨了肿瘤组织及癌旁组织中的免疫应答基因和相应的临床预后因素等相关内容 ......

您现在查看是摘要页,全文长 20087 字符