席晓明，赵闻侠，李杨，张职铄，邵荣光

    ·论著·

    基于生物信息学分析YOD1基因在胰腺癌中的作用

    席晓明*，赵闻侠*，李杨，张职铄，邵荣光

    100050 北京，中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所肿瘤室(席晓明、赵闻侠、李杨、邵荣光)；200092 上海，上海交通大学医学院新华医院急诊科(张职铄)

    通过 TCGA 数据库中胰腺癌的 RNAseq，分析 YOD1 作为胰腺癌预后标志物的潜力及其对肿瘤免疫的影响，为胰腺癌的诊断及预后研究提供参考。通过 TCGA 数据获得 RNA 数据集；利用 R survminer 包对数据可视化，survival 包分析 YOD1 对胰腺癌生存期的影响，对于 TCGA 和 GTEx 的 TPM 格式的 RNAseq 数据，利用 ggplot2 包可视化数据，pROC 包对数据进行分析并绘制 ROC 曲线；使用 linkedomics 在线网站对差异基因进行 GO 和 KEGG 分析。通过 miRWalk、TargetScan、miRDB、miRtarBase 共同分析可能调节 YOD1 表达的 miRNA。采用 R-project 中的 GSVA 包对数据进行可视化处理，采用免疫浸润算法 ssGSEA 分析 YOD1 对免疫细胞的影响；利用 TIMER2.0 在线数据库分析 YOD1 对免疫细胞浸润的影响。通过 EdU 和 transwell 实验验证 YOD1 对胰腺腺癌细胞增殖和迁移的影响。通过 MTT 实验验证 YOD1 对巨噬细胞增殖的影响。通过 Western blot 实验验证 YOD1 对巨噬细胞极化的影响。差异分析发现 YOD1 在胰腺癌中高表达；YOD1 高表达患者的总生存期(= 0.028，HR = 1.59)和无病生存期(= 0.036，HR = 1.52)明显低于 YOD1 低表达患者；ROC 曲线证明 YOD1 具有成为胰腺癌诊断标志的潜力(= 0.953，95% CI = 0.931 ～ 0.975)；通过不同网站预测发现，存在 31 种 miRNAs 对 YOD1 的表达起负性调控作用。KEGG 富集分析发现，上述 31 种 miRNAs 主要富集在影响癌症进展、p53 信号通路和胰腺癌进展；PPI 网络分析，预测 YOD1 主要与 VCP、UBC、UBB、UBP4、RPS27A、UBXN6、UFD1L、NPLOC4、FAF2、PLAA 发生蛋白-蛋白相互作用；免疫相关分析发现 YOD1 与 Th2 免疫细胞在 PAAD 组织的浸润呈正相关(1 材料与方法 ......