2.2.1 系统发育位置 魏似婕等基于藏药“巴莴色保”的基原植物獐牙菜属轮叶獐牙菜、川西獐牙菜及6种龙胆属植物叶绿体全基因组构建ML树，结果支持经典分类学观点对2个属物种的分类[42]。沈立群基于实验获得的薄荷、白毛夏枯草和活血丹3种唇形科药用植物的葉绿体基因组及从NCBI下载的唇形科序列构建了系统发育树，3种植物在进化树中的位置均被支持且与传统分类学相符[43]。张慧等基于ML系统进化分析确定了益母草在野芝麻亚科中的进化位置，发现益母草属和水苏属的亲缘关系较近[44]。在Chen等的研究中，基于对川贝母及其密切相关物种的系统发育分析显示，8个贝母属植物聚成3支且均有较强的支持率，川贝母与甘肃贝母、中华贝母密切相关[35]。Chen等报道基于叶绿体基因组构建的ML和MP系统发育树可以鉴定3种麻黄属植物，同时发现麻黄属植物与买麻藤属植物、百岁兰具有更近的系统发育关系[39]。Cui等基于已发表姜目物种的叶绿体基因组序列，探讨了姜在姜目中的系统发育位置，结果表明姜属为山柰属的姊妹分支[45]。Gao等分析了益智的叶绿体基因组并构建了姜科的系统发育树 ......